Daniel Clowes er især inspireret af det amerikanske satiretegneserieblad ”MAD Magazine” (1952-2004), hvis sort/hvide streg da også tydeligt har inspireret Clowes: ”Mad Magazine er i min DNA. Jeg voksede op med det blad.” (John Dugan: Daniel Clowes / Modern Cartoonist. nothingmajor.com, 2013-06-26).
En anden stor inspiration for Clowes er en af den alternative tegneseries pionerer, Robert Crumb, som i høj grad også har skildret outsideren i sit blad ”Weirdo” (1981-93). Hans sort/hvide karikerende streg har også været en kunstnerisk inspiration for Clowes ligesom hans emnekreds, som især centrerer sig om det hverdagslige drama. Crumb var også den, der banede vejen for at skildre seksualitet og pornografi i tegneseriemediet, noget Clowes og hans generation af tegnere i høj grad har gjort.
Daniel Clowes er gode venner med to andre fyrtårne på den amerikanske tegneseriehorisont nemlig Charles Burns og Chris Ware. De tre adskiller sig både i tegnestil og fortællemåde, men tematisk er der mange ligheder mellem dem. Chris Ware er ligesom Clowes meget optaget af outsiderrollen, det moderne amerikanske kulturlandskab og det komplicerede, ofte skuffende møde med kærligheden. Charles Burns er ligesom Clowes optaget af ungdommens udfordringer, når man står på grænsen til voksenlivet og skal finde en retning i livet. Burns skildrer også ofte karakterer, der har forskellige seksuelle feticher, f.eks. bondage i hans seneste værk på dansk ”X’et ud”, ligesom både Clowes og Burns ofte bruger surrealismen og det fantastiske til at skildre hverdagslige følelser.
Fortælleteknisk, i vægtningen af ord og billeder med en sans for rytmen i historien og en informativ sort/hvid streg ligner Clowes Jaime Hernandez. Det var da også i Hernandez og hans brors blad ”Love & Rockets”, at Clowes havde sin debut, ligesom de deler forlaget Fantagraphics, som i høj grad er blevet en succes pga. Hernandez og Clowes.