Merethe Lindstrøms fortællinger kredser i deres nøgterne og underspillede fremstilling af egentlig konfliktfyldte og følelsesladede rum om spændingsfeltet mellem det sagte og det usagte. Denne tematik har optaget hende gennem hele forfatterskabet. Grunden er ifølge Lindstrøm selv, at hendes egen opvækst netop har været splittet mellem tavshed og tale: ”Mine forældre var skilt, og i min mors familie kunne man tale om alt, mens der var tavshed i min fars familie. Min litteratur bliver til i dette spændingsfelt.” (Klaus Rothstein: Giftaffaldet under overfladen. Weekendavisen, 2012-03-23).
Om sit litterære undersøgelsesområde siger forfatteren videre: ”Jeg har altid været optaget af relationer, afstande, nærhed og samtaler mellem mennesker. (…) Normalt skriver jeg om det, der ikke bliver sagt. Men i denne roman (”Dage i stilhedens historie”, red.) skriver jeg mere om det, der bliver sagt i stedet for. Jeg prøver at eksponere tavsheden i alle dens afskygninger.” (Klaus Rothstein: Giftaffaldet under overfladen. Weekendavisen, 2012-03-23). I sit forfatterskab vender Lindstrøm igen og igen tematisk tilbage til menneskets grundlæggende ensomhed og de svære mellemmenneskelige relationer. Hvor hun i ”Dage i stilhedens historie” fortæller historien om ægtefæller, der burde være tætte, men er blevet tavse og fremmedgjorte for hinanden, skildrer hun i ”Steinsamlere” fra 1996 et nært og stærkt om end uhyre formelt livslangt forhold mellem en professor og hans sekretær. I tråd med ovennævnte tematik beskæftiger hendes roste novellesamling ”Gjestene” sig med individer, der på grund af afstanden til medmenneskerne føler sig som gæster i deres egne liv. Og endelig undersøger hun i ”Fra vinterarkiverne” (2017), hvordan det menneskelige mørke i form af psykisk sygdom kan forvandle kærligheden og nærheden til et ensomt fængsel af angst og ubehag, som man hverken kan eller vil undslippe.
Genremæssigt har Lindstrøm ved siden af sin romanproduktion stor forkærlighed for den fortættede og fragmentariske novelleform, der tilbyder læseren korte og ofte præcise indblik i en given verden. Også i hendes romaner synes Lindstrøms evner for og lyst til det præcise og kortfattede at trænge tydeligt igennem. Både romaner og noveller lægger med alt det uforklarede, der ulmer mellem de kortfattede linjer, op til at læseren selv digter med.
I romanen ”Fra vinterarkiverne” er ordknapheden afløst af et rodet, opbrudt og billedrigt sprog, der formidler det kaotiske indre i passager, der trækker mere på poesiens virkemidler.