Carl-Johan Vallgren har livets store temaer under behandling i sine bøger. Undersøgelser af kærlighed, ondskab og moral er understrøm i forfatterskabet, om det kommer til udtryk i gotiske eller mere realistiske fortællinger. Kærligheden udfoldes både som søskendekærlighed, som den optræder i ”Den vidunderlige kærligheds historie” og ”Havmanden”, og som (uforløst) kærlighed til en kvinde, som det optræder i ”Dokumenter vedrørende spilleren Rubashov” og ”Den vidunderlige kærligheds historie”.
Kærlighedens mørke bror ondskaben udfoldes både i stor og lille skala: I ”Den vidunderlige kærligheds historie” møder HercuIe Barfuss ondsindet uforståenhed og menneskelig afstumpethed. I ”Havmanden” er det den nære, lokale ondskab mellem børn, der undersøges. ”Dokumenter vedrørende spilleren Rubashov” er et vue over det 20. århundredes menneskelige ondskab udmøntet i krige og etniske udrensninger. I et interview siger Vallgren om den udødelige Rubashov: ”For han symboliserer også 1900-tallets menneskers hasard med tilværelsens betingelser på jorden og hele det 20. århundredes politiske hasard med store menneskelige omkostninger.” (Rune Lykkeberg: Foran evigheden er livet værdiløst. Information, 2002-10-16). Denne moraldiskussion føres netop på samfundsmæssigt, personligt og religiøst niveau.
I forhold til Gud siger Vallgren: ”Jeg har ikke set noget til Gud i de sidste flere hundrede år i Europa, og så er vi jo overladt til os selv. Til at forankre moralen i mennesket.” (Rune Lykkeberg: Normalitet som handicap. Information, 2004-09-02). Uden en gud er mennesket alene, og Vallgrens karakterer er ofte ensomme. Rubashovs udødelighed gør ensomheden ulidelig, fordi alle han holder af, dør fra ham. Barfuss og børnene i ”Havmanden” er ensomme i verden, men holdes fast i livet af kærligheden. Karaktererne i ”Skyggedrengen” er alle alene, selv inden for ægteskabet og familien.
Det aparte skildres altid sympatisk, og som læser føler man en sær kærlighed for de monstrøse skabninger Havmanden og Hercule Barfuss. Om sidstnævnte siger Vallgren: ”Jeg forsøger (...), at undgå at kalde ham handikappet. Det vigtige tema i bogen er: Hvad er et handikap egentlig? Findes det egentlig? Det er jo altid noget, den normerende majoritet finder på at kalde andre, fordi de på næsten fascistisk vis vil bestemme, hvad der er normalt. Men det er en pointe i bogen, at det afgørende handikap ligger i majoritetens blik. De kan ikke se alle Hercules’ særlige evner som andet end trusler og forbandelser. Hverken kirken eller videnskaben kan se andet end et menneske, som er vanskabt. Det virkelige handikap er vores eget fordømmende blik.” (Rune Lykkeberg: Normalitet som handicap. Information, 2004-09-02).
Det, der kan læses som moralske fabler om en verden af lave, falder tilbage på en kritik af det Sverige, Vallgren har levet i landflygtighed fra i mange år. Vallgren skrev i 1998 ”Til Hr. Bachmanns katalog”, der er et hvast hadebrev til Sverige, og han har i flere år haft rollen som den nye Strindberg, der fra et liv i eksil kritiserer den svenske selvgodhed.
De overnaturlige elementer, der optræder i de fleste af Vallgrens romaner, hænger sammen med den fantastiske genres muligheder. Om det har han udfoldet de muligheder, det giver at skrive fiktion: ”Inden for genrens rammer er alt tilladt, og jo mere fantastisk det bliver, jo mere troværdigt bliver det også på forunderlig vis. For mig er det i det hele taget fantastisk, at man alene med pen og papir kan sprænge metafysikken og ophæve de fysiske love.” (Carsten Andersen: Litteratur i farver. Politiken, 2004-09-04).
”Skyggedrengen” markerer et skifte i forfatterskabet mod et mindre fantastisk univers. Det er et nutidigt Stockholm og højst håndgribelige miljøer, romanen opererer inden for, og der er fokus på samfundets mekanismer, pengemagt, racehad og svigtede børn.