Claus Beck-Nielsens forfatterskab rummer såvel noveller, romaner, essays som drama. Men uanset genre er det gennemgående og altoverskyggende tema identitet. De første to værker samt til en vis grad også ”Mine møder med de danske forfattere” kredser om identitetsskabelse ved at tematisere emner som valg og ansvar, mens de øvrige værker nærmere tematiserer en opløsning af identiteten. Ikke mindst i de politiske værker som ”Claus Beck-Nielsen (1963-2001)”, ”Selvmordsaktionen” og ”Suverænen”, der kan læses under genren relationel æstetik, bliver identiteten sprængt. Værkerne kan oplagt tolkes som en udmøntning af den franske filosof Michel Foucaults magtbegreb – som et forsøg på at opløse individet for at udfordre og udstille, hvordan magten kontrollerer og dominerer.
Flertallet af værkerne kan læses som såkaldte autofiktioner, hvor forfatteren blander fiktion og virkelighed ved blandt andet at lade hovedkarakterer bære sit navn. Hos Beck-Nielsen er det en metode til at udvide virkelighedsbegrebet og ophæve sondringen mellem fiktion og virkelighed, og dermed bliver litteraturen til en arena, hvor identitet kan formes, opløses og konstant transformeres til en ny personlighed.
Et andet fremtrædende tema hos Beck-Nielsen er autoritetens død. Allerede i forfatterens første bog sættes der spørgsmålstegn til historiens mening og fortællerens autoritet – både sprogligt og fortællermæssigt.
Kærligheden er også et centralt tema hos Nielsen, ikke mindst i Madame Nielsens trilogi ”Den endeløse sommer”, ”Det højeste væsen” og ”Lamento”. I ”Lamento” er forelskelsen i centrum som en flammende, altopslugende og destruktiv kraft, mens kærligheden står som en uopnåelig tilskuer i kulissen. Det er svært ikke at tænke på Christina Hesselholdts (som, hvis man læser ”Lamento” biografisk, er romanens unavngivne fortæller) roman ”Du, mit du” (2003), hvor et forelsket par opholder sig i en afdød farbrors hus, og hvor det at forlade huset for manden bliver synonymt med at forlade hinanden, hvorfor han hellere vil slå hende ihjel.