Det er ikke romanen som genre, der fylder mest i Soyas produktion. Men det er til gengæld her, to af hans mest blivende værker skal findes. Begge har en udpræget selvbiografisk baggrund.
Min farmors hus (1943) er Soyas første og mest ambitiøse forsøg på at skildre en opvækst i klunketidens København omkring århundredskiftet. Historien ses igennem Sørmand, en lille dreng der har mistet sin mor og derfor vokser op hos sin farmor. Det giver anledning til en først og fremmest meget usentimental skildring af barndommen, der på intet tidspunkt giver efter for det idylliske og naive. Også her er verden nemlig gennemsyret af fortielse og intriger, ikke mindst i form af den sataniske farmor, der under dække af sygdom manipulerer med sine omgivelser - muligvis endda med morderiske hensigter. Men Sørmand er ikke meget mere uskyldsren i sit forsøg på at navigere sig igennem barndommens landskab, og der konkluderes kynisk, at “Det almindelige menneske er en godmodig morder.”
Med Sytten fra 1953-54 er perioden fulgt til dørs med beskrivelsen af en ung mands seksuelle opvågnen. Handlingen er henlagt til den sidste sommer inden 1. Verdenskrig, der markerer uskyldstabet og klunketidens definitive afvikling. Romanens tre dele indledes med en fortale, hvor Soya proklamerer, at “der hører mod til at fortælle interessant. Ja mange interessante oplevelser er vel blot interessante fordi ingen tør fortælle dem.” Det gør Soya til gengæld i historien om den 17-årige Jacob, der plages af samvittighedsnag over at onanere. Under en sommerferie i en provinsby oplever han, at moralen her er lige så streng, som han kender den hjemmefra, selv om der i det skjulte foregår helt andre ting. Hans egen indvielse til seksualiteten skildres så detaljeret, at samtidens kritikere var meget delte i deres holdning til bogen. For nogle var den et moralsk lærestykke, for andre decideret pornografi.