John Boynes litterære gennembrud kom med ”The Boy in the Striped Pyjamas” (”Drengen i den stribede pyjamas”, 2006) i 2006. Romanen, der modtog to Irish Book Awards, foregår primært i Polen i de tidlige 1940’ere, hvor Anden Verdenskrig hærger Europa. Romanen begynder, da niårige Bruno sammen med resten af sin velstående tyske familie, der består af mor, storesøster Gretel på 12 år og faren, som moren ofte kalder for ’en vis herre’, skal flytte fra Berlin, fordi faren har fået nyt job. Bruno er blevet skærmet fra krigens uhyrligheder, og hans naivitet præger bogen, hvor det i starten ikke er tydeligt, at Anden Verdenskrig er i gang. Først da familien sammen med tjenestefolk ankommer til det nye hus – et mindre palæ, der ligger isoleret og kaldes for Afsides – bliver det tydeligt, at Brunos far er kommandant i det nazistiske militær og skal være leder i en koncentrationslejr, der ligger lige op ad huset.
26423678
Fra husets gavl kan Bruno og Gretel se ind i lejren, og en dag – omkring midt i romanen – går Bruno på opdagelse i skoven og finder et hjørne af lejren, hvor en dreng sidder på den anden side af hegnet. Bruno bliver venner med den anden dreng, der hedder Schmuel og har fødselsdag på samme dag som Bruno, og sidst i romanen – efter der er gået omtrent et år – kravler Bruno ind i lejren og forklæder sig i stribet fangedragt for at hjælpe Schmuel med at finde hans far på en sidste opdagelsestur, inden Bruno skal tilbage til Berlin med sin mor og søster.
Bruno skildres som en optimistisk, blåøjet, ensom og ressourcestærk dreng af en lige så naiv og undrende tredjepersonsfortæller, der bl.a. bliver ved med at kalde Auschwitz for Afsides, selvom Bruno får det rigtige navn at vide, og hvor den nazistiske hilsen bliver beskrevet som bevægelser, som hverken Bruno eller fortælleren egentlig forstår betydningen af.
På trods af sin ulykkelige – og ikke særligt Hollywood-lignende – slutning blev ”Drengen i den stribede pyjamas” filmatiseret i 2008, og romanen er blevet kritiseret for ikke at være en historisk korrekt gengivelse af forholdene i en koncentrationslejr.