John Boyne skriver til både børn, unge og voksne, og som han selv udtaler i et interview med About the Authors TV, så er grænserne mellem de læsergrupper flydende. Da John Boyne i 2004 og 2005 eksempelvis skrev ”Drengen i den stribede pyjamas”, gik det hurtigt op for ham, at han var ved at skrive en bog primært henvendt til børn og unge, da hovedrollen var den naive niårige dreng Bruno. Fortællingen om, hvordan ”krig påvirker og ødelægger oplevelsen af en barndom”, som John Boyne selv formulerer det i forordet til ”Drengen i den stribede pyjamas” i anledningen af romanens tiårs jubilæum, fik imidlertid en langt bredere læserskare og læses dermed af alle aldersgrupper. Jubilæumsudgaven er illustreret med enkle og til tider uhyggelige illustrationer, hvor kun nogle elementer er farvelagt. John Boynes fortællinger har ofte eventyrtræk, og det ses bl.a. direkte i ”Drengen, der løb væk” (2010), som er historien om otteårige Noah, som løber væk for at undgå sine problemer.
I mange af sine bøger bruger John Boyne virkeligheden som baggrund. Romanen ”Crippen” (2004) er baseret på et mysterie fra virkelighedens verden, hvor en læges hustru blev slået ihjel i 1910, og romanen ”The Absolutist” (2011) bruger Første Verdenskrig som baggrund og udforsker temaer som skam, skyld, jalousi, hemmeligheder og svigt.
Et centralt tema i ”Drengen i den stribede pyjamas” er barndom, venskab og de urimelige forskelle, der findes mellem visse befolkningsgrupper – forskelle, der for børn kan være usynlige, men for voksne kan være altoverskyggende. Således er Brunos far i ”Drengen i den stribede pyjamas” egentlig en fornuftig og venlig mand, men han ser alligevel jøderne i koncentrationslejren som ikke-mennesker. Den form for hjernevask optræder andre steder: Gretel, Brunos storesøster i ”Drengen i den stribede pyjamas”, ændrer sig efter at have forelsket sig i en nazistisk officer, og i Anden Verdenskrigsfortællingen ”Drengen på toppen af bjerget” bliver drengen Pierrot ligeledes hjernevasket og en del af Hitler Jugend.