C.Y. Frostholm udgav især digte i begyndelsen af sit forfatterskab, men har også udgivet romaner som ”Det uvisse” (1992) og erindringsromanen ”Selvportræt med dyr” (2011). I mange af sine bøger benytter C.Y. Frostholm sig af den samme formel: Han beskriver en række stillbilleder, som om man læste de akkompagnerende teksterne til en fotoserie. Det betyder, at fortolkningen og arbejdet med at forbinde de mange punkter ofte ligger hos læseren selv, og mellem linjerne sker der ofte langt mere end det skrevne. Den form for komposition, hvor begivenhederne ligger som perler på en snor uden at blive fortolket af en fortæller, er ellers typisk for novellegenren, og fortællerens nøgterne og registrerende blik kan med et ord lånt fra billedkunstens verden også kaldes impressionistisk. C.Y. Frostholms begivenheder er tilsyneladende udramatiske, og hans detaljerede beskrivelser af verden er oftest hæftet på det, der ellers overses.
Et gennemgående tema for C.Y. Frostholm er det tilsyneladende selvbiografiske spor med erindringer om steder og mennesker, og et emne som kønsidentitet fylder meget.
Den selvbiografiske tråd anes også i ”Træmuseet”, der er skrevet med jegfortæller og i nutid. Dog bruges erindringerne og det selvbiografiske sjældent til at kaste lys på fortælleren selv, der holder sig helt i baggrunden. Snarere vendes lyskeglen mod omgivelserne, der beskrives med høj og poetisk detaljegrad og stort set uden fortolkende blik.
Ved sin udgivelse blev ”Træmuseet” blandt andet kaldt for ”(…) et hovedværk i nyere dansk øko-litteratur” (Martin Rohr Gregersen: ”Træmuseet” er et hovedværk i nyere dansk øko-litteratur. Kristeligt Dagblad, 2018-10-30). ”Træmuseet” er imidlertid ikke den slags økolitteratur – eller klimalitteratur, som det også kaldes – der opridser undergangsscenarier eller tordner med samfundskritik og løftede pegefingre. Tværtimod bibeholder C.Y. Frostholm sin let melankolske tone og forbinder helt udramatisk de mægtige træer med menneskene gennem et sjældent poetisk blik. Brugen af fotos, fortællerens rolige registreringer og sprogets lyriske kvaliteter sætter tempoet helt ned, så læsningen bliver langsom og meditativ.
I sin overskridende tilgang til konventionelle litterære genrer har C.Y. Frostholm også benyttet sig af internettets muligheder og i høj grad skabt rum til litteraturen på nettet. Kombinationen af et digitalt univers og en grafisk fortælling er blandt andet udmundet i iPad-historien ”Kalender for natten” (2016), hvor C.Y. Frostholm læser op til Simon Bodh Nielsens illustrationer i et interaktivt animeret værk om blandt andet at bevæge sig rundt i byens mørke. Det er eksperimenterende og avantgarde uden at være smal litteratur, og C.Y. Frostholm bibeholder som i sine øvrige værker en poetisk rolig tone.