Nauja Lynges forfatterskab består af debatbøger og spændingsromaner, og det helt centrale tema i forfatterskabet er forholdet mellem Grønland og Danmark.
Når Lynge skriver fiktion, tager hun udgangspunkt i konkrete sager fra virkeligheden, og hun skriver om alt det, der gør ondt i rigsfællesskabet. Hun skriver også om arktisk politik og Grønlands strategiske betydning for stormagter som Kina, Rusland og USA, og hun er interesseret i Grønlands skæbne i dette magtspil. Hun er optaget af, hvordan stormagternes forsøg på at splitte rigsfællesskabet for at få magt over Arktis påvirker forholdet mellem Grønland og Danmark, og netop det undersøger hun i romanen ”Toppen af isbjerget”.
I forfatterskabet undersøger hun også de uligheder, som grønlændere oplever i Danmark. Hun skriver om diskrimination og mindreværd, om grønlænderes strukturelt ringere levevilkår i Danmark end danskeres og om fordomme og identitetsproblemer. I den selvbiografiske erindringsbog ”Jeg er Nauja – en grønlandsdanskers bekendelser” fra 2018 er identitetsproblemetikken helt central, og bogen giver et nuanceret indblik i, hvordan det at være dansker og grønlænder gør det til en hård kamp at finde sin plads og identitet.
Denne tematik går igen i Lynges spændingsromaner, som for eksempel i ”Grønlandseksperimentet”, hvor karakteren Pani Chemnitz også kæmper for at finde en plads i det danske samfund, hvor stereotyper om grønlændere stadig gør det svært ikke at blive ramt af mindreværd som grønlænder. Lynge formår som oftest at ”se” en problematik fra flere sider, og hendes ærinde er da heller ikke at belære eller udskamme nogen, hverken som forfatter eller som debattør. Selv siger hun om sin seneste roman: ”Bogen er også skrevet på den smerte, der er forbundet med at være et mindretal i Danmark, for vi oplever stadig at blive behandlet uværdigt. Samtidig håber jeg, at historien kan bidrage til større forståelse og dermed også en forsoning mellem Grønland og Danmark.” (Bine Madsen: Grønlandsdansk forfatter: - Manglende respekt og viden er stadig årsag til fejl og overgreb. Sjællandske Nyheder, 2025–01–25).