Jógvan Isaksen er født den 25. august 1950 og opvokset i Færøernes hovedstad Tórshavn, mens hans forældre Magnhild og Reimar Isaksen er fra den nordligere bygd Gøta. Eftersom han blev født blot fem år efter anden verdenskrigs afslutning, kom denne voldsomme begivenhed til at sætte sit markante aftryk på Isaksens tankeverden, bl.a. via forældrenes og andres beretninger om krigen (Jógvan Isaksen i telefon- og mail-interview med René Hjelm, september 2013), hvilket til dels også kommer til udtryk i hans forfatterskab.
Efter at have taget gymnasieeksamen i Tórshavn i 1970 tog han til Danmark for at læse nordisk filologi på Aarhus og Københavns Universitet. I 1982 blev han magister i nordisk litteratur og har siden 1986 været lektor i færøsk sprog og litteratur på Københavns Universitet. Jógvan Isaksen har derfor det meste af sit liv haft fast bopæl i Danmark, hvor han også har haft sit litterære virke ved at bidrage med tekster på både færøsk og dansk. Før sin debut som skønlitterær forfatter med kriminalromanen ”Blíð er summarnátt á føroyalandi” (”Blid er den færøske sommernat”, 1991) var han nok mest kendt som en kontant og ærlig anmelder i den færøske avis Sosialurin og i andre færøske medier.
Efter sin skønlitterære debut i 1990 har han fortsat sin undervisning og forskning på Nordisk Forskningsinstitut på Københavns Universitet og har sideløbende med sin skønlitterære produktion bl.a. været redaktør for tidsskriftet Nordisk Litteratur årene 2000-2007 og har i mange år været redaktør for det hæderkronede gamle færøske forlag Mentunargrunnur Studentafelagsins. Jógvan Isaksen har i det hele taget været en meget produktiv fag- og skønlitterær forfatter i hen ved 30 år og må siges at være blandt de førende kritikere og forfattere i færøsk sammenhæng. Hans krimier er oversat til flere sprog, der udover på dansk også foreligger på bl.a. islandsk og tysk.