I 1872 fik J.P. Jacobsen endelig sin litterære debut med novellen Mogens, der udkom i Nyt dansk Månedsskrift. Mogens regnes traditionelt som det første naturalistiske værk i dansk litteratur. I åbningsscenen anslås en ny naturbeskrivende impressionisme, der er moderne, men andre sider af værket står i gæld til romantikken.
Mogens er som figur en litterær konstruktion. Ved novellens start beskrives han både som en vegeterende drømmertype og en forældreløs amtmandssøn. Han er, som der står et sted, en mageløs blanding af natur og civilisation. Efter forlovelsen med kæresten Kamilla oplever han for første gang jalousi, skyld og melankoli, der forudgriber det efterfølgende tab af hende. Hun omkommer i en voldsomt eksponeret brandscene, mens han låst fast under en bjælke bare kan se til. Efter denne begivenhed bliver Mogens rå og koldblodig. Hans erotiske begær er voldsomt, men ledsages af mishag og ubehag. I novellens sidste fase bliver Mogens gift med et ukompliceret naturbarn, Thora. Sammen dyrker de en ubesmittet, ren elskov og kan ved novellens afslutning vandre ud i kornmarkerne ved deres gård. Hermed har Mogens symbolsk bevæget sig fra den uberørte natur i novellens begyndelse ind i den kulturelt formede.
Mogens anslår en for perioden ny stil, der objektivt og detaljeret fremstiller naturen og viser den menneskelige adfærd som natur, som instinkter. Jacobsen bryder med romantikkens forestilling om en besjælet natur og med dens religiøse tro på en Gud, der griber ind i menneskenes liv. Mogens’ bøn til Gud efter Kamillas død viser sig netop forgæves. At Mogens i komposition og handlingsovergange jævnligt falder tilbage i romantiske mønstre viser netop værkets karakter af at være et overgangsværk, der markerer en romantikkens afslutning og naturalismens indledning.
I 1882 samles Jacobsens korte prosatekster i Mogens og andre noveller , der bl.a. tæller den Poe-inspirerede “Et Skud i Taagen”, klassikeren “To Verdener” og historien om kristne flagellanter “Pesten i Bergamo”. Flere af Jacobsens kortprosatekster har et skitseagtigt præg, hvad der i samtiden blev anset for en kompositorisk svaghed. I de senere års litteraturkritik er interessen for denne side af forfatterskabet vokset betydeligt. Netop de elementer, som samtidens kritikere ikke brød sig om, fx de stillestående scener, den dvælende fremstilling og den arabeskagtige stil, skattes i dag som noget af det mest moderne hos Jacobsen.