Ifølge Peder Frederik Jensen selv kredser hans forfatterskab om eksistentiel afsøgning. Hvor ”Her står du” tematiserer urban eksistens, handler ”Læretid” for ham om eksistens på et mere grundlæggende plan. I ”VOLD” er det den globale eksistens fra en skyldsbetynget privilegeret vestlig synsvinkel, der bliver sat under lup. Forfatterskabet kredser med andre ord om det at være til og finde sammenhæng, betydning og forankring som menneske.
Opbrud er et andet gennemgående tema i forfatterskabet, men det totale opbrud viser sig at være umuligt, og menneskets miljøbestemte forankring i verden står tilbage som et uoverstigeligt grundvilkår.
Peder Frederik Jensen har blik for menneskets grundlæggende splittelse mellem den intellektuelle og den fysiske væren. Er vi, som Adam vrængende proklamerer i ”Her står du”, bare primitive dyr, der blot er blevet viklet ind i kunstig pænhed og civilisation? Trænger vi i virkeligheden til at finde tilbage til det mere enkle, kropslige liv, som Læredrengen i ”Læretid” søger i bådebyggerfaget? Eller har vi som særligt forfinede skabninger netop behov for åndelig stimulation for at blive hele mennesker?
Også amputerede mellemmenneskelige relationer og en grundlæggende menneskelig ensomhed – selv i samværet med andre – er et tilbagevendende tema. I flere romaner kæmper de unge mandlige hovedpersoner med at skabe og bevare meningsfulde relationer til deres nærmeste, og i ”Rans vilje” og ”Pigen og verden” oplever både sømanden Roar og pigen Hæminglæva at være udenfor fællesskabet – og at relationer ofte er bundet op på egoistiske interesser.
Med ”Banedanmark” og ”VOLD” blotter Jensen en mere politisk og socialt indigneret brod. På hver sin måde tvinger udgivelserne læseren til at forholde sig til ubehagelige og ofte forbigåede emner som Udkantsdanmark og Vestens komplekse og usunde relation til det afrikanske kontinent. Denne bevægelse kulminerer i ”Det Danmark du kender”, der er en fuldblods politisk roman med Socialdemokratiet som en central aktør. Med ”Rans vilje” lægger Jensen det realpolitiske på hylden for at bygge en bro hen over tiden til dem, der gravede Danmark. De ukendte mennesker, der sled i koldt mudder for at inddæmme landet, og de samfundsmæssige bevægelser der er sket for at løfte folk ud af armod.