Ifølge Peder Frederik Jensen selv kredser hans forfatterskab om eksistentiel afsøgning. Hvor ”Her står du” tematiserer urban eksistens, handler ”Læretid” for ham om eksistens på et mere grundlæggende plan. I ”VOLD” er det den globale eksistens fra en skyldsbetynget privilegeret vestlig synsvinkel, der bliver sat under lup. Forfatterskabet kredser med andre ord om det at være til og finde sammenhæng, betydning og forankring som menneske.
Opbrud er et andet gennemgående tema i forfatterskabet. I ”Her står du” forsøger Adam at bryde op med sit bagland for at finde ud af og mærke efter, hvor han egentlig står i verden. Hovedpersonen i ”Læretid” forsøger at bryde med den akademiske og intellektuelle baggrund med henblik på at nå ind til en mere kropslig og fundamental form for væren. Og endelig bryder Simon i ”VOLD” med sit trygge vestlige liv og et lidt for mageligt parhold for at ryste sig selv og forsøge at se sin egen verden fra et nyt globalt perspektiv. I alle tilfælde viser det totale opbrud sig dog at være umuligt, og menneskets miljøbestemte forankring i verden står tilbage som et uoverstigeligt grundvilkår. I ”Rans vilje” har Sømanden efter et langt liv i opbrud brug for at vende tilbage og slå sig ned. Først da kommer erindringerne om barndommen og generationers overleverede viden tilbage til ham.
Peder Frederik Jensen har blik for menneskets grundlæggende splittelse mellem den intellektuelle og den fysiske væren. Er vi, som Adam vrængende proklamerer i ”Her står du”, bare primitive dyr, der blot er blevet viklet ind i kunstig pænhed og civilisation? Trænger vi i virkeligheden til at finde tilbage til det mere enkle, kropslige liv, som Læredrengen i ”Læretid” søger i bådebyggerfaget? Eller har vi som særligt forfinede skabninger netop behov for åndelig stimulation for at blive hele mennesker? Det er et spørgsmål, som løber under overfladen gennem flere af hans værker.
Også amputerede mellemmenneskelige relationer og en grundlæggende menneskelig ensomhed – selv i samværet med andre – er et af de temaer, der går igen i Peder Frederik Jensens forfatterskab. I flere af hans romaner kæmper de unge mandlige hovedpersoner med at skabe og bevare meningsfulde relationer til deres nærmeste. For eksempel har Simon i ”VOLD” væsentligt nemmere ved at lytte til og udveksle med de fremmede, han møder på sin rejse i Vestafrika end ved at fornemme og give plads til sin kæreste Lavra. Også i novellesamlingen ”Banedanmark” gennemsyrer denne tematik portrættet af danskere i alle lag af samfundet, der kun i enkelte tilfælde er i stand til at opnå reel nærhed og udveksling med andre.
Med ”Banedanmark” og ”VOLD” blotter Peder Frederik Jensen en mere politisk og socialt indigneret brod i sit forfatterskab. På hver sin måde tvinger udgivelserne nemlig læseren til at forholde sig til ubehagelige og ofte forbigåede emner som Udkantsdanmark og Vestens komplekse og usunde relation til det afrikanske kontinent. Denne bevægelse kulminerer i ”Det Danmark du kender”, der er en fuldblods politisk roman med Socialdemokratiet som en central aktør. Med ”Rans vilje” lægger Jensen det realpolitiske på hylden for at bygge en bro hen over tiden til dem, der gravede Danmark. De ukendte mennesker, der sled i koldt mudder for at inddæmme landet, og de samfundsmæssige bevægelser der er sket for at løfte folk ud af armod.