På Holbergs tid blev professoraterne ved Universitetet besat efter et oprykningssystem, idet ikke alle lærestole var lige fornemme og vellønnede. En professor kunne således skifte fag adskillige gange under sin ansættelse. Holberg nåede at være professor i tre fag: først metafysik, en filosofisk hjælpedisciplin, som han afskyede, og hvor han efter egen indrømmelse gjorde en ynkelig figur, så latinsk digtning, og endelig historie, hvor han kunne udfolde det nærmeste han kom på sagkundskab i moderne forstand.
Af Holbergs ikke-digteriske er det da også de talrige historiske (herunder biografiske og kirkehistoriske) værker, der fylder mest. Blandt de nationalhistoriske arbejder indtager Dannemarks Riges Historie (i tre store bind, 1732-35) den fornemste plads. Interessantest for en moderne betragtning er nok tredjebindets historiografiske programerklæring, ”Betænkning over Historier”. Her viser det sig, som overalt, at historikeren Holberg er barn af sin tid. Han underkaster ikke kilderne nogen systematik afprøvning m.h.t. pålidelighed, det, historieforskningen kalder kildekritik. Den kildekritiske teknik blev først udviklet hos Holbergs yngre samtidige, Hans Gram og Jacob Langebæk. Han skelner altså ikke principielt mellem primære kilder, dokumenter, der er samtidige med begivenhederne, og sekundære kilder, som er afledte, senere beretninger – selv om han ofte foretrækker de første og hyppigt træffer rigtige valg, når han pr. skøn afgør, hvilke kilder han vil benytte.
I en anden forstand end den videnskabelige kan han godt øve kritik af kilderne, nemlig når han ræsonnerende afvejer rimeligheden af deres indhold og domme og fx retter sin sunde skepsis mod middelalderens mirakelhistorier og den dunkle sagnhistories realitet. Det afgørende for Holberg som historiker er, hvad han kalder ”Skiønsomhed”, evnen til at skelne mellem væsentligt og uvæsentligt, samt sammenhæng i de bragte oplysninger, dette i modsætning til 1600-tallets lærde stofindsamlere og -ophobere af Arild Huitfeldts type. Desuden opsøger han med forkærlighed en moralsk lære i historien – den skal helst gøre os klogere og bedre, anvendes pragmatisk.
Når Holbergs skrifter bevæger sig ind på andre områder, som teologi, filosofi, naturvidenskab (fysik, astronomi), jura og økonomi (hvad de faktisk gør!), bliver det nok lidt vanskeligere at drage grænsen mellem polyhistori og dilettanteri. Hans forsøg i disse for ham fremmede videnskaber lader sig karakterisere under ét; de har tre væsentlige træk fælles: For det første baseres de induktivt og empirisk, dvs. tager udgangspunkt i den foreliggende omverden, der må undersøges og levere erfaringer – så først kan der opstilles hypoteser og formuleres almene principper eller lovmæssigheder. For det andet formuleres de, så at enhver lægmand kan følge ræsonnementet; idealet er ”oplysningens” populærvidenskab med adresse til almenheden og tillid til det kosteligste menneskelige fælleseje: den medfødte fornuft, det naturlige lys, lumen naturale . For det tredje ser Holberg helst, at videnskabeligt arbejde resulterer i praktiske resultater, videnskab skal – med et slagord fra 1960’erne – være samfundsrelevant, her i betydningen: nyttig for næringslivet, staten og almenvellet.
Og da Holberg selv – uden egl. sagkundskab, men med baggrund i praktisk erfaring inden for landbrug – afgav sit fornuftsræsonnement ”over den nu regierende Qvæg-Syge” (1746) foregreb han unægtelig en senere tids naturvidenskab, da han fandt det mest sandsynligt, at en epidemisk smitte overføres gennem mikroorganismer!