I religiøs henseende indtog Holberg det standpunkt, man betegner som deisme. Deismen er en slags reduceret kristendom, der nedtoner Kristi frelser-funktion til fordel for en blot og bar tro på Gud som verdens skaber og opretholder og som menneskenes retfærdige dommer på den yderste dag. Helt eksplicit fremgår det af Holbergs epistel 46, hvor han fremsætter dette credo i nogle få, enkle artikler. Med et sådant standpunkt kunne han holde sig inden for ortodoks lutheranisme og samtidig forene tro og fornuft. Typisk for den samfundsorienterende og -bevarende intellektuelle anså han desuden den moralske praksis (adfærd) som en gyldig målestok for seriøs religiøsitet: En god kristen er en god samfundsborger (og undersåt!).