Jens Smærup Sørensen blev født den 30. maj 1946 i Nordjylland og voksede op på en gård i landsbyen Staun nær Nibe. Han blev opfostret efter grundlæggende konservative bondetraditioner, og som søn af en landmand lå det langt fra i kortene, at han skulle blive akademiker og medlem af Det Danske Akademi senere i livet. Allerede tidligt i Jens Smærup Sørensens barndom stod det imidlertid klart, at han ikke var den oplagte kandidat til at føre gården videre efter sin far: “Jeg skulle jo være med i arbejdet, men egnede mig ikke til landbruget. Hænderne sad ikke for godt på mig. Jeg var også fraværende ad helvede til. Når der skulle fyldes korn på sække, tabte jeg dem eller flyttede dem hen i en forkert dynge. Så man fandt på, at jeg skulle på realskole i Nibe. En fem-ti år før ville ingen have tænkt andet, end at jeg skulle fortsætte i landbruget.” (Kristen Bjørnkjær: “Landet der forsvandt”. Information, 2007-03-24).
Efter sin skoletid i Nibe fortsatte han i gymnasiet i Aalborg og blev i 1965 student fra Aalborg Katedralskole. Turen gik herefter til danskstudier på Aarhus Universitet, hvor han især blev optaget af den eksperimenterende litteratur. Forfattere som Svend Åge Madsen, Per Højholt og Samuel Beckett åbnede en helt ny verden for den unge Jens Smærup Sørensen. I løbet af sin tid på universitetet deltog han også i de udbredte demonstrationer mod det såkaldte professorvælde, som prægede universitetsmiljøet i starten af 1970’erne. Men da ungdomsoprøret efter Smærup Sørensens mening bevægede sig i en uheldig retning, var det ikke længere noget for ham: “Oplevelsen af et studentermiljø som efter studenteroprørets første tid politiseredes, men i en idealistisk forstand, sådan at man f.eks. dyrkede Mao-Kina. Den virkelighed vi selv stod i [...] den forsvandt efterhånden til fordel for det rene fantasteri”. (Erik Skyum-Nielsen: “Modsprogets proces”, s. 195).
Smærup Sørensen giftede sig i 1970 med Vibeke Schmidt, og året efter blev han cand.phil. i dansk. Samme år debuterede han som forfatter. De følgende mange år udgav han bøger inden for forskellige genrer til både voksne og børn, og fra 1986-1990 var forfatteren også husdramatiker ved Aarhus Teater. Jens Smærup Sørensen flyttede i 1990 til Luxembourg med sin hustru og parrets to børn, da hans kone fik job som underviser på Europaskolen. Familien var bosat i byen indtil 1999. I 1990 modtog Smærup Sørensens Det Danske Akademis Store Pris, og han blev i 1995 selv medlem af akademiet. Han blev i 2006 akademiets sekretær. Sammen med en række andre prominente medlemmer af Det Danske Akademi valgte han dog i 2020 at trække sig fra arbejdet efter intern uenighed.
Forfatteren er i dag atter bosat ved Limfjorden i det nordlige Jylland – nærmere bestemt i Nykøbing Mors. Det er imidlertid ikke udtryk for, at han er vendt tilbage til den provins, han voksede op i, understreger Smærup Sørensen: “Jeg holder meget af landskabet ved Limfjorden, som er uforligneligt smukt. Men jeg mener jo ikke, at provinsen eksisterer. Vi lever alle i en storbykultur.” (Kristen Bjørnkjær: “Landet der forsvandt”. Information, 2007-03-24). I 2018 forlod Smærup Sørensen forlaget Gyldendal som en konsekvens af den linje, som den nytiltrådte direktør Morten Hesseldahl havde lagt for forlaget.