Charlotte Weitze er født i 1974 i Lyngby nord for København, hvor hun voksede op sammen med sin far, mor og lillebror. Lysten til at digte fantasifulde fortællinger var allerede til stede i hendes tidlige barndom, hvor hun fortalte sine forældre, hvad der skulle stå under de tegninger, hun lavede. I skolen skrev hun lange stile, der ofte var præget af det fantastiske og af overnaturlige hændelser. Hun voksede op i et trygt barndomshjem og det er, ifølge forfatteren selv, måske det, der gav hende mod til at dykke ned i det overnaturlige og de mere uhyggelige sider af menneskelivet.
Trolde og andre væsener fra folketroen har også altid været en del af Charlotte Weitzes tilværelse: “Min mor plejer at henvise til, at jeg har gået i Rudolf Steiner børnehave. Når vi gik tur, sagde børnehavelederen: Dernede ved det lille træ bor en nisse. Og der er alferne. Vi legede eventyr og skulle selv være de forskellige nisser og trolde. Det kan da godt være, at det aldrig er blevet taget fra mig. At ingen har fortalt mig, at julemanden ikke findes.” (Henning Thøgersen: Eventyrpigen. Weekendavisen, 2002-01-04).
Charlotte Weitze blev matematisk student i 1993, hvorefter hun tog på højskole. På højskolen fulgte hun et skrivekursus og tilmeldte sig endnu et skrivekursus efter højskoleopholdets afslutning. Ulig mange andre forfattere nåede Weitze ikke at fylde skrivebordsskuffen med tekster, inden kontakten til en forlagsredaktør blev etableret. I 1994 inviterede forlaget Lindhardt og Ringhof spirende forfattere til at indlevere prøver på deres tekster i forbindelse med årets bogmesse i Forum. Charlotte Weitze greb den mulighed: “Pligtopfyldende som jeg var, mødte jeg op, så snart messen åbnede, og allerede inden jeg havde afleveret mine tekster, var jeg blevet interviewet til både tv og dagblade. Efter afleveringen gik vi rundt på messen nogle timer, før vi skulle tilbage og have kritik af en rigtig forlægger. Han var meget glad for novellerne og jeg var aldeles rundtosset.” (Marianne Juhl: Fostret af bogmessen. Jyllands-Posten, 2003-11-20).
På trods af, at Charlotte Weitze altid har skrevet og vidst, at det var det, hun gerne ville, søgte hun ind på studiet folkloristik på Københavns Universitet. Studiet omhandler blandt andet myter, eventyr, traditioner, overtro og mundtlige fortællinger og gav da også Charlotte Weitze mulighed for at researche det materiale, hun skulle bruge i sine tekster.
Studiet viste sig ligeledes at få en direkte afsmittende effekt på Weitzes fortællinger. Samtidig med, at hun i 1996, som kun 22-årig, debuterede med bogen “Skifting”, var hun med til at lave en udstilling om skifting, det vil sige folketroens fortælling om et troldebarn, der er blevet forbyttet med et menneskebarn. Hendes bachelorprojekt handlede om bjergtagningsmyten, hvor mennesker, der er blevet lokket ind i bjergene af bjergfolk, vender tilbage sære, tungsindige eller vilde. Fortællingerne i Weitzes bog fra 1999, “Bjergtaget”, handler da også om mennesker, som drages bort, opsluges eller på anden vis forsvinder ind i en anden verden.
Weitze afsluttede sit universitetsstudie i 2004 og har siden levet som forfatter, klummeskribent, foredragsholder og deltidsunderviser på Vallekilde højskole. Hun er ligeledes kunstnerisk leder af den årlige litteraturfestival Litt Talk på den vestsjællandske højskole. I 2006 deltog hun i DR's projekt Fantastiske fortællinger.
Charlotte Weitze bor med sin mand og parrets to døtre i Vallekilde.