J.P. Jacobsen levede i en brydningstid kaldet ’det moderne gennembrud’, hvor romantikken blev forkastet, og naturalismen blev sat i højsædet både inspireret af Darwin og politiske vinde, som ønskede et mere ligeværdigt samfund. J.P. Jacobsen var på mange måder et sindbillede på sin tid. Han var naturvidenskabsmand til fingerspidserne, skrev guldmedaljeafhandling om alger og oversatte Darwin til dansk, og han ønskede med egne ord at ”overføre Naturens evige Love, Herligheder, Gaader og Undere i Digtningens Verden”, som han skrev i sin dagbog den 15. januar 1867. Naturalisterne tog ham da også til sig, og han var en central del af det litterære parnas med brødrene Brandes i spidsen. Men det var, som om han alligevel ikke passede helt ind i deres programskrift. Dels mente de ikke, han var politisk nok, og dels var der også noget med hans skrivestil, som ikke helt passede ind. Han var alt for fokuseret på detaljerne og kunne kæle for en enkelt sætning i timevis. Af samme grund bliver han til tider kaldt for kolorist – på grund af den måde, han på poetisk vis maler sit landskab og sine karakterer frem. Desuden havde han langt mere fokus på de indre drifter, drømme og fantasier end på de ydre omstændigheder. Derfor passer han også bedre ind i den symbolistiske bevægelse, som opstod i Frankrig i 1860’erne, og som har drømme, fantasier og de subjektive oplevelser i centrum.
Et helt centralt tema hos J.P. Jacobsen er længsel. Længslen efter at høre til, at forbinde sig med andre mennesker og at manifestere sig i verden. Det er et tema, der fylder i romanerne om Marie Grubbe og Niels Lyhne, men også novellerne og digtene har længslen i centrum. Som det hedder om Niels Lyhne: ”Blot det vilde komme over ham — Livet, Kjærlighed, Lidenskab, saadan at han ikke kunde digte med det, men saa det digtede med ham”. I flere af værkerne er der i øvrigt karakterer, der er så drevet af længsler, de har fået efter at have læst litteratur, at det får deres liv til at kuldsejle, fordi intet i livet kan leve op til de romantiske litterære idealer. Det gælder for eksempel for Hervert Sperring i digtene og for Niels Lyhnes mor.
Blandt andre centrale temaer hos J.P. Jacobsen kan nævnes kunst, kærlighed, ateisme, ensomhed og meningsløshed.