En række temaer går igen i mange af Elif Shafaks bøger. En stærk politisk og aktivistisk strøm løber gennem forfatterskabet, der ligesom Shafaks engagement som debattør tager emner som feminisme og kvinderettigheder, ytringsfrihed, religion, tradition og undertrykkelse op. Også kulturmøder – frugtbare såvel som destruktive – mellem Øst og Vest spiller en tilbagevendende rolle i hendes bøger, hvor konflikter mellem tradition og nybrud, mellem religion og verdslighed, mellem land og by, mellem rig og fattig bruges til at fortælle historier, der både handler om specifikke menneskeskæbner og om tidsånden på tværs af landegrænser.
Selvom Elif Shafaks romaner kan være både meget forskellige og eklektiske, finder man ganske ofte tanker om solidaritet mellem mennesker som et kerneelement i fortællingerne. Forfatterskabet er gennemsyret af en interesse og en omsorg for dem, der lever i samfundets udkant, og hendes bøger er ofte præget af en vilje til at pege på skæve magtforhold og gøre opmærksom på dem, der falder udenfor gængse fortællinger. I et interview med Louisiana Channel i 2019 peger Elif Shafak selv på den understrøm i hendes forfatterskab, der er hendes ”ønske om at give stemme til mennesker, der har været uden stemme, at bringe periferien i centrum, at gøre det usynlige synligt, at forandre disse magthierarkier – vende det hele på hovedet.” (Simi Jan: Art is About Resistance. Louisiana Channel, august 2019).
Endelig kan man ikke komme udenom den helt centrale position, som storbyen Istanbul indtager for Elif Shafak. Mange af hendes bøger foregår i byen, der ofte har karakter af at være et selvstændigt væsen med egen vilje. Hun kalder byen en ”hun-by” (”10 minutter og 38 sekunder i denne sære verden”, s. 5) og sammenligner den med en klog, gammel kone med et ungt hjerte. For hende beviser Istanbul, at forestillinger om Øst og Vest er netop det, forestillinger: ”Øst og Vest er ikke vand og olie. De kan blandes. Og i en by som Istanbul blandes de intenst, uophørligt og forbløffende.” (Elif Shafak: Pulled by Two Tides. Time Magazine, 2006-07-31. Egen oversættelse).