Jan Kjær har skrevet og illustreret henved 50 bøger. Blandt hans udgivelser er der både fagbøger om mangategning, tegneserier og kapitelbøger til børn og unge. Fælles for Jan Kjærs bøger er dog, at de fleste kan placeres inden for fantasy-genren. Genren er nært beslægtet med eventyr, og inden for genreuniverset finder man hekse, trolde, dæmoner og andre fantastiske skabninger.
I Jan Kjærs fortællinger foregår handlingen ofte i verdener, der minder om en fjern fortid og som er befolket med mærkelige væsner, mennesker med overnaturlige evner og magiske genstande. Men selvom universet, som fortællingerne foregår i, kan virke fremmed, så er problemstillingerne genkendelige for læseren. Tematisk kredser Jan Kjær i sit forfatterskab om ensomhed, tilhørsforhold og overgangen fra barn til voksen. I ”Englejægerne” kæmper hovedpersonerne Miki og Maya f.eks. med ensomhed, fordi deres evner isolerer dem fra fællesskabet. De er freaks og passer ikke ind i den gældende norm for, hvad der er normalt. I serien om ”Menneskejægerne” befinder Luka sig midt mellem barndom og voksenliv. Hans opgave bliver ikke kun en ydre kamp mod Stenkæbe og Kannibalen, men også en indre kamp for at finde sig til rette med den skæbne, han er blevet tildelt i kraft af sine særlige evner som menneskejæger.
Jan Kjær benytter sig både som illustrator og forfatter ofte af både tekst og billeder, når han fortæller sine historier. Dette er f.eks. tilfældet i ”Taynikma”-serien, der handler om drengen Koto, der opdager, at han har en særlig evne, nemlig skyggekraften. Her er teksten på stort set alle opslag ombrudt af en illustration. Således bliver kapitelroman og tegneserie integreret i hinanden. Dette særlige samspil mellem tekst og illustration har Jan Kjær benyttet til at udvikle et læsesystem til børn, der lige har lært at læse. Systemet hedder LINK. ”Heksebogen”-serien, der handler om pigen Mia, en ung heks, der skal kæmpe mod mørkets magi, er en del af dette system, og her er over halvdelen af teksten spejlet eller gengivet i illustrationerne. Det betyder, at især nye læsere eller børn og unge med læsevanskeligheder har lettere ved at afkode tekstens indhold.