Agota Kristof blev født i den ungarske landsby Csikvánd i 1935. Faren Kálmán Kristóf var folkeskolelærer, og moren Antónia Turchányi var kunstprofessor. Derudover bestod familien af Agotas storebror Yano, der var et år ældre end hende, og hendes tre år yngre lillebror Tila.
Familien slap uskadt gennem Anden Verdenskrig, men efter krigen blev faren arresteret af kommunisternes sikkerhedspoliti, og fattigdom tvang moren til at anbringe sin 14-årige datter på en statskostskole for piger. En mellemting mellem et børnehjem og en opdragelsesanstalt, fortæller Kristof i sit selvbiografiske værk ”L’Analphabète” fra 2004 (”Analfabeten”, 2022), hvori hun også skriver, at den eneste mulighed for at udholde adskillelsens smerte var ved at skrive.
I et interview beskriver Kristof udviklingen af sin litterære stil: ”Jeg begyndte at skrive, da jeg var 13 år gammel, og alting ved min stil har forandret sig siden. Alting. Digtene var for poetiske og for sentimentale. Jeg kan ikke lide den form for skrivning. Jeg bryder mig slet ikke om mine digte, ikke mere.” (Riccardo Benedettini: A conversation with Àgota Kristóf. Music & Literature, 2016-06-09. Egen oversættelse).
I forbindelse med den fejlslagne antikommunistiske opstand i Ungarn i 1956 flygtede hun som 21-årig med sin mand og nyfødte datter over den østrig-ungarske grænse og endte i det fransktalende Schweiz i byen Neuchâtel. I ”Analfabeten” beskriver Kristof, hvordan hendes håb om at blive forfatter var lig nul, da hun som flygtning ankom til Schweiz. Hun fik arbejde på en urfabrik, og fem år senere forlod hun fabrikken og sin mand for at studere fransk og begynde at skrive på fransk. Hun skrev en række hørespil til en schweizisk radiostation, og arbejdet med at skrive korte og let afkodelige sætninger fik indflydelse på udviklingen af hendes litterære stemme.
Kristof var 51 år, da hun debuterede som forfatter med romanen ”Le grand cahier” i 1986 (”Det store stilehæfte”, 1987). På det tidspunkt var hun blevet gift og skilt for anden gang, og hendes tre børn var blevet store. I løbet af sin forfatterkarriere fik hun udgivet ni værker, som er blevet oversat til omkring 40 sprog, og hun har vundet flere priser for sit forfatterskab.
Agota Kristof døde i sit hjem i Neuchâtel i 2011. Hun blev 75 år gammel.