Philip Michael Ondaatje blev født i 1943 i byen Colombo i Sri Lanka, som på den tid gik under navnet Ceylon. Han var det yngste barn af en søskendeflok på fire med en storebror og to storesøstre. Da Michael var fem år, blev hans forældre skilt bl.a. pga. faderens alkoholmisbrug, og som Michael Ondaatje beskriver det i erindringsbogen ”Running in the Family” fra 1982 (”Det ligger til familien”, 2000) oplevede hans forældre en form for social deroute i løbet af deres ægteskab: ”Med baggrund i to af de mest kendte og velhavende familier på Ceylon var det i løbet af fjorten år gået jævnt ned ad bakke for dem: Min far ejede nu en hønsefarm i Rock Hill, og min mor arbejdede på hotel” (s. 170). Den lille Michael og hans søster levede i en årrække hos slægtninge i den asiatiske østat, indtil han i 1954 flyttede til England for at bo hos sin mor. Det var på mange måder et chok for den 11-årige Michael at komme til Europa. Han fik dog hurtigt lært at binde slipseknuder som elev på den konservative London-skole Dulwich College.
I 1962, som kun 19-årig, emigrerede Michael Ondaatje til Canada, hvor hans bror Christopher allerede boede, og startede sine universitetsstudier på Bishop’s University i Lennoxville i Quebec. I 1965 fik han canadisk statsborgerskab, og samme år afsluttede han sin bacheloruddannelse i engelsk på University of Toronto. I 1967 færdiggjorde han sin M.A. – en Master of Arts, som svarer til den danske kandidatuddannelse – på Queen’s University i Kingston, Ontario. Det var også i løbet af 1960’erne, at Michael Ondaatje giftede sig med kvinden Kim og stiftede familie. De fik to børn sammen, men blev skilt i begyndelsen af 1980’erne.
Michael Ondaatje påbegyndte i 1967 en karriere som universitetsunderviser og blev i 1971 tilknyttet engelskinstituttet på Glendor College, York University i Toronto. Han skrev dog også allerede fra slutningen af 1960’erne poesi og fik i 1966 et udvalg af sine digte trykt i tidsskriftet New Wave. Året efter debuterede han med sin første digtsamling, og i 1976 udkom hans første roman, ”Coming Through Slaughter”. Han fik sit helt store gennembrud i begyndelsen af 1990’erne med den Booker Prize-vindende roman ”The English Patient” (”Den engelske patient”), som også blev filmatiseret. Michael Ondaatje var dog ikke specielt begejstret for den internationale berømmelse – han foretrækker et stille liv i Toronto.
Michael bor i dag sammen med sin anden hustru, Linda Spalding, som også er forfatter. Parret er begge redaktører på det litterære tidsskrift Brick. Ved siden af sin forfatterkarriere har Michael Ondaatje skrevet manuskripter til kortfilm og skuespil.
Den tidligere amerikanske præsident Barack Obama nævnte i sommeren 2018 Ondaatjes roman ”Warlight” (”Krigslys”) som en af de bøger, han havde på sin liste over sommerferielæsning, hvilket meget godt illustrerer Michael Ondaatjes status som en af de helt store nulevende forfattere i USA og Canada.