Naja Marie Aidt blev født juleaftensdag 1963 i den grønlandske by Aasiaat, som på dansk betegnes Egedesminde. De første syv år af sit liv boede hun med sin mor, far og søster i Grønland, hvor faderen arbejdede som lærer. Her oplevede hun en verden, hvor somrene var ekstremt lyse og vintrene tilsvarende mørke, altså en verden med store kontraster. Kontrasterne herskede ligeledes imellem det liv, hun mødte henholdsvis uden for og inden for hjemmets fire vægge. Uden for hjemmet var de sociale normer sådan, at hvis et barn faldt og slog sig, så lo de voksne, og de andre børn pegede fingre. Aidt fortæller: ”Det var en måde at hærde børn på i Grønland, hvor jeg er født og voksede op. Grønland er et hårdt sted at overleve. Hjemme hos mine forældre blev min søster og jeg trøstet, hvis vi væltede og slog os. Blandt grønlænderne måtte vi bare kravle op igen. Og det vænnede vi os til. For i Grønland skal man kunne rejse sig igen. Ellers kan det være, at man dør, for det fryser 30 grader, og måske er der en snestorm på vej.” (Dorte Hygum Sørensen: Aldrig udelt smuk, aldrig udelt hæslig. Politiken, 2008-02-29).
Da Aidt var syv år, besluttede hendes forældre at flytte hjem til Danmark, og kort efter blev forældrene skilt. Skilsmissen har etableret sig som en splittelse i Aidt, der tegner sig som et grundvilkår i hendes digtning. I digtsamlingen ”Poesibog” fra 2008 forholder hun sig helt eksplicit til barndommen, til Grønland, skilsmisse med mere.
Som 16-årig flyttede Naja Marie Aidt hjemmefra, og i en årrække boede hun sammen med barndomsveninden Line Knutzon og to fyre i en halvandetværelses lejlighed i Fiskergade på Nørrebro i København. To år senere var Aidt etableret i et fast forhold med den ene af samboerne, musikeren Martin Heurlin, og da Aidt var bare 18 år, fik de deres første af tre børn. Aidt har senere fortalt, at de gjorde alt for ikke at gentage deres forældres liv, og at det derfor føltes som et enormt nederlag, da kernefamilien ikke kunne holde længere. Parret blev skilt i 1991.
I 1985 tog Aidt en HF-eksamen, hvorefter hun blev ansat i et bookingbureau, og siden hen blev hun produktchef i et internationalt pladeselskab. I det hele taget lavede hun alt muligt andet end at skrive, indtil hun blev 25 år. Derefter begyndte hun i stigende grad at satse på det litterære, og i 1991 debuterede hun med digtsamlingen ”Så længe jeg er ung”. Hun sagde op på pladeselskabet og helligede sig derefter rollen som forfatter og mor. Resultatet er et stort forfatterskab, der byder på såvel lyrik, noveller, børnebøger, dramatik, sange og filmmanuskripter. I dag er Naja Marie Aidt gift for anden gang med filmfotograf Eigil Bryld. De fik i 2003 sønnen Zakarias. I 2015 mistede hun sin næstældste søn Carl ved en tragisk ulykke. Han blev 25 år.
Naja Marie Aidt har siden 2008 været bosat i New York.