Naja Marie Aidt blev født juleaftensdag 1963 i den grønlandske by Aasiaat. De første syv år af sit liv boede hun med sin mor, far og søster i Grønland, hvor faderen arbejdede som lærer. Her oplevede hun en verden, hvor somrene var ekstremt lyse og vintrene tilsvarende mørke. Kontrasterne herskede ligeledes imellem det liv, hun mødte uden for og inden for hjemmets fire vægge. De sociale normer betød, at hvis et barn faldt og slog sig, så lo de voksne, og de andre børn pegede fingre: ”Det var en måde at hærde børn på i Grønland (…)Hjemme hos mine forældre blev min søster og jeg trøstet, hvis vi væltede og slog os. Blandt grønlænderne måtte vi bare kravle op igen. Og det vænnede vi os til. For i Grønland skal man kunne rejse sig igen. Ellers kan det være, at man dør, for det fryser 30 grader, og måske er der en snestorm på vej.” (Dorte Hygum Sørensen: Aldrig udelt smuk, aldrig udelt hæslig. Politiken, 2008-02-29).
Da Aidt var syv år, flyttede familien hjem til Danmark, og kort efter blev forældrene skilt. I digtsamlingen ”Poesibog” forholder Aidt sig eksplicit til barndommen, Grønland og skilsmissen.
Som 16-årig flyttede Naja Marie Aidt hjemmefra og sammen med veninden Line Knutzon og to fyre i en lille lejlighed på Nørrebro i København. To år senere var Aidt etableret i et fast forhold med den ene af samboerne, musikeren Martin Heurlin, og da Aidt var 18 år, fik de deres første af tre børn. Aidt har senere fortalt, at de gjorde alt for ikke at gentage deres forældres liv, og at det derfor føltes som et enormt nederlag, da parret blev skilt i 1991.
I 1985 tog Aidt en HF-eksamen, hvorefter hun blev ansat i et bookingbureau og siden på et pladeselskab, men hun begyndte i stigende grad at satse på det litterære. I 1991 debuterede hun med digtsamlingen ”Så længe jeg er ung” og helligede sig derefter rollen som forfatter og mor. Resultatet er et stort forfatterskab, der byder på bl.a. lyrik, noveller, romaner og børnebøger. Naja Marie Aidt er gift med filmfotograf Eigil Bryld, og de fik i 2003 sønnen Zakarias. I 2015 mistede Aidt sin næstældste søn, Carl, ved en tragisk ulykke. Han blev 25 år.
Naja Marie Aidt har boet elleve år i New York, men er i dag bosat på Frederiksberg i København. Hun har siden 2020 været medlem af Det Danske Akademi.