Borges er blevet kaldt faderen til den magiske realisme, mens andre har placeret ham inden for den fantastiske litteratur. Selv har han omtalt sine noveller som inden for genren ’fantasy’. Den særlige balance mellem virkelighed og fiktion er essentiel hos Borges. Tidslommer, udødelighed og ting med overnaturlige egenskaber finder vej ind i historier om skæbner og begivenheder fra virkelighedens historie. Hans universer udfolder sig i et afdæmpet sprog, hvor det enkelte ord får kolossal betydning og med ét kan ændre fortællingens karakter.
Borges’ litteratur er en intellektuel og magisk udforskning af de emner, han dykker ned i, som bl.a. nordiske sagaer, filosofiske og teologiske spørgsmål, antikken, mysterier fra Fjernøsten og Latinamerikas historie. Men der er også forskel på, hvordan Borges manipulerer med virkelighed og fiktion. Hvor han tidligt i forfatterskabet holder sig tættere til virkelighedens karakterer, flytter fiktionens startpunkt sig senere længere ud i fantasien, men bibeholder den kontinuerlige reference til virkelighedens datoer, formler, navne og ideer, selvom også de kan være ramt af fiktionens selvbestemmelse.
Elementer, der gentagne gange optræder hos Borges, er labyrinten og spejlet, temaer som udødelighed og uendelighed, fortællinger der springer i tid og rum og gemmer sig i andre fortællinger, samt et særligt fokus på det enkelte ords oprindelse og betydning.
Selv ville Borges ikke identificeres med en enkelt stil: ”Jeg har ikke en æstetik. Tiden har lært mig et par tricks – undgå synonymer, hvis ulempe er, at de antyder forestillingsmæssige forskelle […] at bruge hverdagsord frem for ord der chokerer; indflette tilfældige detaljer i mine historier […]; foregive en anelse af usikkerhed, fordi selvom virkeligheden er præcis, så er hukommelsen det ikke; fortælle begivenheder (dette har jeg lært af Kipling og de islandske sagaer) som om jeg ikke helt forstod dem selv; huske at tradition, konventioner, ”reglerne”, ikke er et krav, og at tiden sikkert vil ophæve dem – men sådanne tricks (eller vaner) er helt afgjort ikke en æstetik.” (Jorge Luis Borges: forord til ”Elogio de la Sombra”, egen oversættelse).
Selvom Borges er mest kendt for sine noveller, var han også en stor poet og skrev en række digtsamlinger. Desuden forfattede han en mængde essays og litterære artikler, enkelte manuskripter og oversatte desuden en lang række bøger.