Sophus Claussen blev født på Langeland. Familien flyttede i Claussens barndom først til Nykøbing Falster og siden til København pga. farens karriere som venstrepolitiker, folketingsformand og avisredaktør. Trods problemer i skolen blev Claussen student i 1884. Herefter påbegyndte han jurastudiet på Københavns Universitet, og selvom han droppede ud igen, gjorde universitetet et stort indtryk. Her fulgte han nemlig George Brandes’ legendariske forelæsninger, der markerer det moderne gennembrud i dansk litteratur. Selvom Claussen ikke stilistisk var hverken realist eller naturalist, delte han Brandes’ vision om, at litteraturen skulle sætte problemer til debat. Debutdigtene ”Naturbørn” (1887) blev modtaget med forargelse pga. et digt, der hyldede det polyamorøse. Digtene var inspireret af en tidlig forelskelse i en syngepige, samt forlovelsen med Anna Christensen. Samme år som debutdigtene udkom, blev Claussens forlovelse dog ophævet, men senere fandt han igen sammen med Anna, og de to blev gift og fik to børn, men lod sig i 1927 separere.
Sammen med ungdomsvennen Johannes Jørgensen redigerede Claussen fra 1893-94 det litterære tidsskift ”Taarnet”. Deres vennekreds, som også talte Viggo og Ingeborg Stuckenberg, regnes for kernen i dansk symbolisme. Claussen skrev flere romaner, hvoraf ”Antonius i Paris” (1896) og ”Valfart” (1896) for alvor markerede hans symbolistiske stil. De to rejsebøger var skrevet under ophold i Frankrig og Italien, hvor Claussen lærte den franske forfatter Paul Verlaine at kende. Diverse både lykkelige og ulykkelige kærlighedsforhold gav Claussen stof til den erotiske digtsamling ”Djævlerier” (1904), der ligesom de senere digte blander hedenske og kristne guder i en abstrakt æstetisk formstruktur. Claussen troede ikke selv på gud, men han ønskede at forstå de åndelige kræfter, som han mente, han gennem sin digtning fik indblik i. I sin samtid blev han aldrig hædret, men han er af eftertiden blevet hyldet for sin kobling af romantisk digtning med den modernitet, der kommer til udtryk i hans idé om kunsten for kunstens skyld og ønsket om fri kærlighed og sex.
Sophus Claussen døde i 1931 og blev på sit dødsleje gift med veninden Inger Nielsen.