Daniel Clowes blev født i Chicago i 1961. Hans mor var automekaniker og hans far jødisk møbelsnedker. Om sin egen ungdom siger han: ”De mest værdifulde øjeblikke i min opvækst var der, hvor jeg bare sad og ikke havde noget at lave.” (Christian Jess Rasmussen: Kulttegneserie kopierer livet. Byens Puls, maj 2010).
I 1979 blev Clowes færdig med High School, og derefter begyndte han på Pratt Institute i Brooklyn, New York, hvor han fik en bachelorgrad i Fine Arts i 1984. Han debuterede i bladet ”Cracked”, et humoristisk tegneserieblad, som han bidrog til fra 1985 til 1989. Sin regulære debut fik han med historien ”Lloyd Llewellyn”, som Fantagraphics trykte i bladet ”Love & Rockets”, en serie lavet af brødrene Jaime og Gilbert Hernandez. Derefter udkom det i sine egne hæfter mellem 1986 og 1987.
I 1989 udgav Clowes sit eget blad ”Eightball” for første gang. Clowes bragte både kortere og længere historier i ”Eightball”, og stort set alle hans efterfølgende udgivelser har først været serialiseret her, bl.a. ”Like a Velvet Glove Cast in Iron” (1993) og hans mest kendte værk ”Ghost World” (1997, på dansk 2006). ”Ghost World” blev filmatiseret i 2001 af Terry Zwigoff. Filmen blev et kulthit og fik gode anmeldelser og mange priser, og manuskriptet, skrevet af Clowes og Zwigoff, blev nomineret til en Oscar. Den blev også Clowes’ gennembrud til det store publikum. I 2004 stoppede Clowes med at udgive ”Eightball”, men ikke med at lave tegneserier. En lille historie fra bladet blev i 2006 til filmen ”Art School Confidental”, også instrueret af Zwigoff.
I 2007 og 2008 havde Clowes en fast stribe i The New York Times Magazine – ”Mister Wonderful” – som i 2011 blev samlet som bog. I 2011 fik han PEN career achievement award for sit forfatterskab.
I 2013 blev Clowes hædret med en stor retrospektiv udstilling på Museum of Contemporary Art i hjembyen Chicago. Udstillingen blev ledsaget af en monografi om Clowes: ”Modern Cartoonist: The Art of Daniel Clowes” af Susan Miller.
Clowes bor i dag i Oakland, Californien sammen med sin kone Erika og deres søn Charlie.