Kerstin Ekman voksede op i den lille by Katrineholm. Faderen arbejdede som værkfører og blev siden selvstændig, moderen var, som kulturen dengang nærmest bød det, hjemmegående. Kerstin Ekman var enebarn og en sart og begavet pige, der inden hun kom i skole havde lært sig selv at læse og regne. Hun blev student i 1952 og fil.mag. i litteraturhistorie fra Uppsala Universitet i 1957.
Årene derefter arbejdede hun med film, indtil hun i 1959 debuterede som krimiforfatter. Hun havde giftet sig med historieforskeren Stig Ekman, men ægteskabet holdt ikke. Som ganske ung fik hun foretaget en voldsom underlivsoperation, som gjorde hende ude af stand til at få børn (det er bl.a. den traumatiske oplevelse, der ligger til grund for det langt senere epos ”Knivkastarens Kvinna” fra 1990 (”Knivkasterens kvinde”, 1990)). Hun adopterede en lille dreng og giftede sig senere med sin nuværende mand, musiklæreren Börje Frelin, som hun havde mødt på Wiks Folkhögskola, hvor hun var lærer fra 1965-70. I 1970'erne flyttede de til den lille by Valsjöbyn i Jämtland, nær den norske grænse. Her boede de i 24 år, indtil de pga. ægtemandens helbred måtte forlade Ekmans elskede skove og flytte tættere på Stockholm. Nu bor Kerstin Ekman i Roslagen, omkring 100 km. uden for Stockholm.
Kerstin Ekman er en centralt placeret forfatter i det svenske kulturliv. Hun var medlem af Samfundet De Nio fra 1974-1986, hvor hun trådte ud pga. travlhed, men efter at Astrid Lindgren forlod Samfundet i 1993, blev der atter en plads, og Kerstin Ekman blev igen medlem. I 1978 overtog hun stol nr. 15 i Svenska Akademien efter Harry Martinson, hvis forfatterskab Kerstin Ekman i øvrigt har udtrykt stor gæld til. Hun var det tredje kvindelige medlem i Akademiens historie efter Selma Lagerlöf og Elin Wägner.
Kerstin Ekman forlod Akademien igen i 1989 pga. dets manglende engagement overfor det iranske præstestyres mordtrussel mod den indisk-engelske forfatter Salman Rushdie. Ekman har selv formuleret oplevelsen sådan: "Det var en sørgelig affære med en flok ældre herrer, som hverken forstod fundamentalismens fare eller indvandrer-litteraturens enorme betydning i England og USA." (Bjørn Bredal: Mo(r)dermyten. Politiken, 1994-02-02).