Gustave Flaubert blev født og voksede op i den franske by Rouen i Normandiet. Han var søn nummer to af kirurg Achille-Cléophas Flaubert og lægedatter Anne Justine Caroline Flaubert. På trods af sin lægefamilie var den lille Gustave et skrøbeligt og sygeligt barn, hvad der skulle vise sig at få direkte betydning for hans fremtid.
Efter at være blevet hjemmeskolet af sin mor til han var ni år gammel, kom Gustave Flaubert på den militaristiske skole College Royal de Rouen for at modtage en mere disciplineret uddannelse. Det var her, Flaubert allerede fra 11-14 års alderen begyndte at skrive henholdsvis på egne værker og for skolens avis. Som ung mand foretrak Flaubert at bruge sin tid på at læse og rejse.
Efter endt skolegang rejste han i 1842 til Paris, hvor han efter forældrenes ønske begyndte at studere jura. I 1844 måtte han imidlertid afbryde uddannelsesforløbet på grund af sygdom. Flaubert blev diagnosticeret med epilepsi og måtte derfor indstille sig på et mere stillesiddende liv. Den unge mands ulykke ophørte dog ikke her. Kun få år senere i 1846 mistede han først sin far til sygdom og dernæst sin yngre søster Caroline, som døde i barselssengen. Med en betydelig arv fra faderen i ryggen besluttede den unge forfatterspire at flytte tilbage til familieejendommen i Rouen for at tage sig af sin mor og den moderløse niece. Her kunne han endelig hellige sig sine forfatterambitioner, mens han passede på familien og sit eget skrantende helbred.
Sygdom til trods blev det til endnu en rejse i 1851, som gik til Egypten og Fjernøsten i selskab med forfattervennen Maxime Du Camp. Det var efter denne tur, at Flaubert knap 30 år gammel påbegyndte sit livs værk ”Madame Bovary” – en bog det skulle tage den perfektionistiske forfatter fem år at skrive. Ved sin udgivelse i 1857 blev romanen både en stor salgssucces og modtog et væld af positiv kritik. Ikke desto mindre blev Gustave Flaubert sagsøgt for at forfatte et værk, der angiveligt skadede den offentlige og religiøse moral. Flaubert vandt sagen, og romanen er sidenhen gået over i historien som et af litteraturhistoriens største og første realistiske værker. Efter flere markante udgivelser herunder ”Salammbô” fra 1862 og ”Følelsernes opdragelse” fra 1869 bukkede den anerkendte forfatter i 1880 under for sit skrantende helbred og døde i en alder af 58 år. Flaubert blev aldrig gift, men havde en længere stormfuld affære med forfatterinden Louise Colet i 1850’erne.