Flauberts nok mest berømte værk ”Madame Bovary” fra 1857 (”Madame Bovary” 2012) fortæller historien om den naive bondedatter Emma, der drømmer om at finde den kærlighed, hun kender fra romanerne. Da faderens unge læge Charles Bovary anmoder om hendes hånd i ægteskab, tror hun, at lykken er gjort, men livet som lægefrue lever langt fra op til hendes forventninger om et liv i lidenskab og luksus. Hun føler sig hurtigt kvalt i ægteskabet med den godmodige, men gudsjammerligt kedelige og middelmådige Charles, der lidt for let lader sig tromle af både hustruen og sin dominerende mor. Uanset hvor meget Emma prøver at iscenesætte ham, bliver Charles aldrig den romanhelt, hun søger.
25418611
I håbet om, at en luftforandring vil hjælpe på hustruens sorte humør, flytter Charles familien til byen Yonville. Her får ægteparret datteren Berthe, men også moderskabet bliver en skuffelse for Emma. Desperat efter romantik og spænding kaster hun sig ud i en hemmelig affære med den velhavende forfører Rodolphe og begynder sideløbende at optage hemmelige lån for at forkæle sig selv og elskeren med materiel luksus. Da Emma pønser på at løbe bort med sin elsker, trækker Rodolphe sig imidlertid og efterlader hende knust. Da hun endelig kommer på benene igen, løber hun tilfældigt på den unge ven af familien Léon, som tidligere har udvist varme følelser overfor hende. Mødet fører til endnu en adspredende kærlighedsaffære – denne gang med Madame Bovary som den overlegne part. I længden kan heller ikke Léon dog tilfredsstille Emma, der efterhånden mister grebet om både sit hemmelige kærlighedsliv og sine tiltagende økonomiske udskejelser.
”Madame Bovary” går med sin skjulte alvidende fortæller over i historien som en af de første og største realistiske romaner nogensinde. Det nye i Flauberts realistiske greb i forhold til samtiden bestod i hans måde at gå helt tæt på karaktererne og beskrive dem indefra gennem skiftende synsvinkler. Til dette introducerede han den fortælleteknik, man i dag kalder dækket direkte tale, hvor ”sagde hun/ han”-markøren udelades, og tanker og tale i stedet farves af deres ophavsmand. I romanens samtid var denne stil næsten grænseoverskridende realistisk, hvilket kombineret med romanens skildring af kvindelig utroskab rummer en del af forklaringen på den opstandelse, som romanen skabte i sin samtid.