Martin A. Hansens overordnede temaer henter han fra kristendommen, Søren Kierkegaard og eksistentialismen. Dermed kredser han utrætteligt om fremmedgørelse, meningen med lidelsen over for autenticitetsfølelse gennem kærligheden og troen.
Denne dobbelthed er gennemgående i hans forfatterskab, hvor den ofte allegorisk bliver tillagt to persontyper, nemlig den lidt enfoldigt troende, men til gengæld modigt handlekraftige person, som interagerer med sin modsætning, det moderne rationelle menneske, der stiller fornuft over følelse, viden over tro – men også tvivl over handling.
Mange af disse tvivlende typer går ofte til bekendelse i forsøget på at nå til forsoning med fremmedgørende splittelse mellem deres angstfulde skepsis og en handlingsorienteret selvrealisering i verden. F.eks. opfordrer både Broder Martin og Johannes Vig andre til at begå handlinger, de ikke selv har modet til eller troen på. Efterfølgende bliver de plaget af skyldfølelse og må gå til bekendelse. Under arbejdet med ”Lykkelige Kristoffer” skrev Martin A. Hansen således i sin dagbog i 1942, at man skal kunne ” … mærke under Humøret det røde Blod … bag Latter og Kynisme Skyldfølelsen.” (Martin A. Hansen, ”Dagbøger”, s. 273. Citeret i Efterskrift til ”Lykkelige Kristoffer” af Esther Kielberg). Karakteristisk for disse bekendende antihelte er også, at de ofte tvivler på deres egen skriftlige formidling, som om forfatteren forsøger at gøre opmærksom på, at det nærværende ”levende” ord er det talte - og ikke det skrevne.
Disse temaer arbejder Martin A. Hansen med inden for et bredt felt af genrer, hvor han i første del af forfatterskabet anvender kollektivromanen (”Nu opgiver han”, ”Kolonien”), skælme- og ridderromanen (”Jonatans Rejse”) og den historiske roman (”Lykkelige Kristoffer”). I anden halvdel af forfatterskabet er fortællingerne hybridformer (f.eks. ”Agerhønen” og "Tornebusken”), der blander fornyende eksperiment med ældre fortælleformer som myte, eventyr, sagn og islandsk saga. De to fortællinger ”Midsommerfesten” og ”Løgneren” kan læses som modernistiske eksperimenter med udsigelsesforholdene, mens Martin A. Hansen med sine fortællinger også kommer tæt på bekendelseslitteraturen og den sentimentale roman. Forfatterskabet er præget af stor, stilistisk fantasi og frisk spontanitet i sprogstilen, der med hensyn til tempo varierer med snart korte og ironiske sætninger som i sagaerne, snart med reflekterende, længere sætninger.