Christoph Hein blev født i 1944 i den tyske (nu polske) by Heinzendorf i Hitlers Stortyskland. Hans mor var hjemmegående og hans far protestantisk præst. Ved afslutningen af Anden Verdenskrig flygtede familien til Bad Düben ved Leipzig. Her gik Christoph Hein i folkeskole, men myndighederne forhindrede ham i at fortsætte på gymnasiet. Det skyldtes, at hans far var præst, hvilket ikke var velset i DDR. Christoph Hein tog derfor som 14-årig alene til Vestberlin for at få en studentereksamen men nåede dog ikke at blive færdig. For i 1961 blev Berlinmuren opført, og han flygtede tilbage til DDR for at være sammen med sin familie.
Nu var han ikke kun præstesøn men også landsforræder, og det vanskeliggjorde hans tilværelse: ”Jeg blev en mester i disciplinen 'eksmatrikulering. Jeg måtte forlade aftenskolen, filmskolen, ja til sidst fik jeg ikke engang lov til at blive snedker,” fortæller Christoph Hein (Marc-Christoph Wagner: En forfatter skal udforske det fundament som samfundet bygger på. Information, 2006-09-03). Han måtte derfor tage de jobs, han kunne få, blandt andet som montør, boghandler, tjener og journalist.
Omsider fik han i 1964 lov til at tage sin studentereksamen, og han fortsatte på Karl Marx Universitetet i Leipzig i 1967, hvor han studerede filosofi og logik. Sideløbende engagerede han sig i teaterverdenen, og han blev instruktør på Østberlins berømte teater Volksbühne, og fra 1974 også dramatiker. I 1978 forlod han teatret for at koncentrere sig om at skrive, og han fik sit internationale gennembrud omkring 1980.
Christoph Hein nægtede at lade sig kue af DDR-myndighedernes kontrol og censur: ”Der var ting, jeg ikke sagde og ikke fik trykt, men hvis forlaget her i Øst ikke ville antage manuskriptet, sendte jeg det til Vestberlin.” (Tone Myklebost: De eksistentielle problemer er de samme. Information, 1999-01-29). Han udgav blandt andet romanen ”Horns Endeligt” helt uden tryktilladelse: ”Det var en modig forlægger – at handle mod censuren var ganske enestående. Det er nok eneste gang overhovedet i DDR.”. (Henrik Kaufholz: Æresborger efter kampafstemning. Politiken, 2011-06-18).
Christoph Hein blev i 1998 den første præsident for tysk PEN. Han har siden 1976 været bosat i en lejlighed i Weissensee i Berlin, først med sin første hustru, filminstruktøren Christina Hein, som han har to sønner med. Nu bor han her med operasangeren Maria Husmann.