De romaner af Agnes Henningsen, der fortsat findes på bibliotekshylderne, er Polens Døtre fra 1901, romantrilogien Kærlighedens Aarstider ; Det rige Efteraar ; Den sidste Aften (1927-30) og den lille roman Den elskede Eva fra 1911 (genoptrykt hhv. 1945, 1977-78 og 1987). De er hver især uhyre repræsentative for det afsnit i Agnes Henningsens liv, hvor de blev til.
Polens Døtre regnes for Agnes Henningsens mest vellykkede som roman betragtet. Heri findes et spændende portræt af Georg Brandes, forfatterindens store forbillede. Det vakte opsigt og nedkaldte broderen Edvard Brandes´ vrede over Agnes Henningsens hoved. Percy Branner, alias Georg Brandes, anbringes i en typisk situation mellem to kvinder, der gerne vil elske, men ikke længere kan. Dyden og lasten, der begge deformeres til goldhed, mens manden, de elsker, fortsat er intakt.
Titlen Den elskede Eva er bittert ironisk, for Eva bliver netop aldrig elsket, kun kurtiseret og lever i en åndelig hungertilstand, ensom, midt i alle forelskelserne. Hun formår ikke at sprænge sig vej gennem sine begrænsninger og ender med at tage livet af sig. Denne roman vakte en umådelig forargelse. Med den havde Agnes Henningsen taget hul på en stribe af fiaskoer, nogle skæppede godt i kassen, men der gik slid på nerver i de følgende år.
Med den selvbiografiske Milli Hahn-figur i centrum i Kærlighedens Aarstider , skaber Agnes Henningsen en kvindelig udviklingshistorie. Milli Hahn anbringes i enhver tænkelig krisesituation for en kvinde uden uddannelse: giftermål, utroskab, uønsket graviditet, ægtemanden begår selvmord, elskeren svigter, penge er der ingen af. En konstant eksistentiel ransagelsesproces sættes i gang på Milli Hahns vegne, normerne afprøves, hun selv og hendes kraft og redelighed afprøves, punkt for punkt gøres køns- og skæbneregnskabet op. Hun misbruges - men hun misbruger også selv. En slags retfærdighed, der ligner nemesis, sker trods alt fyldest.
Summen af Agnes Henningsens kærlighedsbudskab lyder i sin enkelhed og strenghed:
"Forlang alting af dig selv og ikke noget af de andre, ikke det allermindste, når det gælder kærlighed; så kan du slet ikke undgå at blive lykkelig."