Tematisk beskæftiger Jensen sig blandt andet med forholdet mellem det gode og det onde. Det onde møder vi blandt andet i form af de 13 trolde i ”Kong Knap og det forsvundne øje” eller i ”Karl Kluge og ondskaben”, hvor Karl og Georg er i kløerne på ondskaben i form af den ansigtsløse mand. De to drenge forsøger at finde ud af gåden om verdens ondskab: hvad består ondskaben af, og hvorfor opstod den?
Det gode findes blandt andet i morens godhed i ”Den frygtelige hånd” og i hovedpersonens intentioner om at hjælpe de sultne børn i Afrika i ”2 kroner og 25 øre”. Men det gode er også kærligheden. Den findes blandt andet i ”Karl Kluges dobbelte skattejagt”, hvor vennerne Karl og Georg begge er forelskede i Lisbeth, og venskabet sættes på spil eller snarere Karls liv i kampen om pigen. Pigerne i Jensens fortællinger bliver af fortællingens drenge typisk beskrevet som både frygtløse og fantasifulde, ofte repræsenterer de nogle karaktertræk, som drengene ikke i samme grad er i besiddelse af, og derfor er drengenes fascination af pigerne meget stor.
Om ondskaben og kærligheden i sit forfatterskab har Louis Jensen selv udtalt: ”Man kan blive så frygtelig vred over al den ondskab – og måske er det netop det, der gør, at jeg skriver. En slags brændstof ligesom kærlighed. Ondskab har hermed sin modpol til kærligheden, i hengivelsen. I alle mine historier ligger der et lag under handlingsoverfladen med kærlighed, en hengivelse, en længsel.” (Bent Rasmussen: Børne- og ungdomslitteratur – Portrætter af 14 danske forfattere. 2005).
Forfatterens kærlighed til naturen spiller også en afgørende rolle i hans bøger, ikke mindst naturen omkring Limfjorden og fødebyen Nibe. Dyr har også en stor rolle, ofte som venlige og hjælpsomme skabninger med menneskelige egenskaber. Et andet fællestræk i Jensens fortællinger er, at særlige symboler går igen. Der er både Gud og englen, som typisk fungerer som vejviser i kampen mellem godt og ondt. I ”Skeletter på hjul” møder Martin englen i sine drømme, hun fortæller ham, at der er håb.
Derudover indgår der ofte løsrevne legemsdele, herunder hjerter. Hjertet optræder eksempelvis i ”Den fortryllede by”, hvor en dreng finder et stort hjerte, kravler gennem dets kamre og samler enkeltdelene til et kæmpemæssigt drengemonster. Ligesom dyrene og de mange tal, der indgår i Louis Jensens fortællinger, synes de løsrevne legemsdele også at have menneskelige egenskaber, mens Hest i fortællingerne om Tork og Hest er både god, klog og hjælpsom.
De fire elementer jord, ild, luft og vand optræder også ofte i Jensens fortællinger. Ild indgår som symbol på ondskab, eksempelvis da Martin i ”Skeletter på hjul” møder en lille dreng med sorte vinger og øjne, der er så røde, at det ser ud, som om der er ild i dem.
I Jensens fortællinger bringes hovedpersonen ofte på en rejse eller en jagt efter et bestemt mål, en rejse som kan ses som symbolet for en søgen på helhed.
Den fantastiske genre med dens tilhørende groteske træk, som Jensen indskriver sig under, appellerer typisk til børn, idet børn ofte har lettere ved at tage fantastiske elementer for gode varer. Men samtidig er Jensens bøger ofte også tilført et dybere lag og referencer, herunder både intertekstuelle og metafiktive, som ikke nødvendigvis er så lige til for det enkelte barn. Jensen selv beskriver sine fortællinger som en kombination af enkeltheden og det komplicerede. At fortællingerne kan læses på flere niveauer, gør dem relevante for både børn og voksne. (Steffen Mossin: På sporet af den tabte historie, 2. ’Kra kra digter vigter, skreg kragen rustent’. 1989).
Jensen sprænger normalsprogets konventioner og rammer, og umulighederne og absurditeterne i sproget er med til at gøre fortællingerne humoristiske. Samtidig skriver Jensen i et stramt sprog, som er blevet beskrevet således: ”Han (Jensen) er en lyriker, der er blevet prosaist, men skriver i lyrikkens stramme rammer. Han sletter mere, end han tilføjer, deraf den stramme form. Han ændrer kun i detaljerne”. (Gunnar Jakobsen: Louis Jensen. 1997). Historierne afslører ikke alt, meget er overladt til læserens fantasi, og det gør, at man læser ham med stor nysgerrighed.