John Green blev født i 1977 i Indianapolis, men få uger efter fødslen flyttede familien til Orlando i Florida, hvor Green voksede op med sine forældre og lillebroren Hank. Trods en tryg opvækst i en kærlig og støttende kernefamilie var Greens barndom og ungdom præget af lavt selvværd, usikkerhed og generthed, og han var ofte offer for mobning, hvilket han i sit voksenliv har været en særdeles aktiv modstander af, blandt andet gennem sit uformelle lederskab af internetfænomenet Nerdfighters, der består af selvproklamerede nørder fra hele kloden, som ’kæmper for det fede og bekæmper det ufede’ gennem velgørenhedsprojekter og andet.
Som barn var Green en ivrig læser, og i forlængelse heraf skrev han også en del selv, selvom han ikke på dette tidspunkt gjorde sig nogen forestillinger om at blive forfatter: ”Jeg har altid troet, at det at blive forfatter var ligesom at blive astronaut, at spille i NFL eller noget i den stil. Det forekom mig altid at være en meget urealistisk drøm,” skriver Green på sin hjemmeside (johngreenbooks.com) som svar på et ’ofte stillet spørgsmål’ om hans tidlige forfatterambitioner. Det var først efter college, da Green blev tilknyttet litteraturmagasinet Booklist, at han indså, at det at skrive og udgive bøger var noget, han rent faktisk kunne gøre, hvis han satte sig for at gøre det.
Men selv ikke efter den overvældende succes med sine romaner betragter Green sig som en fuldblodsforfatter. Han ser i mindst lige så høj grad sig selv som vlogger (videoblogger) og fordeler sin tid ligeligt mellem skriverierne og de internetbaserede aktiviteter. Sammen med sin bror Hank etablerede han i 2007 den populære YouTube-videolog VlogBrothers, der siden har affødt adskillige andre internetprojekter.
John Green er gift med kunstformidleren Sarah Urist Green, med hvem han har lavet webserien The Art Assignment. Sammen har parret to børn.