Anna Margrethe Kjærgaard blev født i Aarhus i 1972. I et interview til Forfatterweb fortæller hun, at hun altid har tegnet, og at hun meget tidligt besluttede sig for, at det var dét, hun skulle bruge sit liv på. "Som helt lille havde jeg selvfølgelig som andre små piger en drøm om at blive damefrisør, men jeg kan huske, at jeg som 12-årig tænkte, at jeg skulle tegne. Det holdt jeg fast ved, også på gymnasiet, hvor man fik at vide, at man skulle vælge en uddannelse, man kunne bruge til noget." (Maria Høher-Larsen: Interview med Anna Margrethe Kjærgaard. Forfatterweb, 2016-05-13).
Efter gymnasiet tilbragte Anna Margrethe Kjærgaard en længere periode på Ranum Kunstskole og forsøgte uden held at få optagelse på Kunstakademiet. Senere flyttede hun til København og mødte sin kæreste, som gik på Danmarks Designskole. Lidt hovedkulds søgte hun ind på skolen og blev optaget ved første forsøg. "Jeg havde aldrig tænkt over, at jeg skulle illustrere, jeg tænkte altid bare at jeg skulle ind på Kunstakademiet, men jeg fandt ud af, at det var dejligt at skulle forholde mig til noget tekst. Det passede bare meget bedre til mit nervesystem, at der var nogle rammer og begrænsninger at gå ud fra," siger hun om sin lidt tilfældige opdagelse af illustratorfaget.
I 2002 blev hun færdig på Designskolen, men allerede inden endt uddannelse debuterede hun som billedbogsillustrator i 2001 med "Børges bedste bryster". Siden har hun illustreret en lang række børnebøger, og debuterede selv i 2008 som forfatter med "Bror", som hun både skrev og illustrerede.
I 2008 flyttede Kjærgaard til Bornholm og bor i dag sammen med sin familie i Rønne. Hendes bedsteforældre og mor oplevede Sovjetunionens bombning og efterfølgende besættelse af Bornholm i maj 1945, hvor resten af Danmark var blevet befriet. Denne familiehistorie oprulles i Anna Margrethe Kjærgaards bog "Mit Hus" fra 2015, der er et samarbejde med hendes mor, Kirsten Kjærgaard, der som lille pige oplevede russernes bombardement af Rønne. Dette illustrationsarbejde modtog Anna Margrethe Kjærgaard Kulturministeriets Illustratorpris for i 2016.
Desuden er bogen "Skifting", som hun i 2014 udgav sammen med forfatter Dennis Gade Kofod, også inspireret af Bornholm, hvor gammel folketro fortæller om børn, der forbyttes med troldebørn.
Kunstfonden tildelte i foråret 2016 Anna Margrethe Kjærgaard et treårigt arbejdslegat. I begrundelsen lød det blandt andet om hendes arbejde: "Skønhed og poesi går hånd i hånd med et mere dystert og råt udtryk i hendes billeder."