Javier Marías blev født i Madrid i 1951 som den fjerde af fem sønner. Begge forældrene var akademikere. Hans mor Dolores Franco var oversætter samt redaktør på en antologi om spansk litteratur. Hans far var filosoffen Julián Marías, der blev fængslet for sin kritik af Franco. Da han efterfølgende blev nægtet at undervise i Spanien tog han til USA, hvor han underviste på flere prominente universiteter – bl.a. på Harvard, Yale og Wellesley College. Det var også igennem disse rejser, at Javier Marías blev introduceret til amerikansk kultur og litteratur, som senere skulle vise sig at spille en stor rolle i hans liv og arbejde.
Som 17-årig løb Javier Marías væk hjemmefra til Paris, hvor han skrev sin første roman. Denne debutroman, ”Los dominos del lobo”, blev udgivet tre år efter i 1971. Siden har han udgivet 12 romaner på spansk, der alle er skrevet på skrivemaskine, da han hverken ejer mobiltelefon eller computer.
Den store succes til trods har han aldrig haft en litterær plan. Han anerkender dog og har stor respekt for litteraturens kraft: ”Nogle siger at det at skrive er en unik måde at vide, men det er en unik måde at genkende. Du læser noget og siger ‘Ja, det er sandt, det er noget jeg har oplevet, det er noget jeg har set, jeg har følt det, men jeg ville ikke kunne udtrykke det på den måde han har. Nu forstår jeg det virkeligt.’ Det er det romanen kan bedre end nogen anden genre eller kunstform.” (Sarah Fay: Interview: Javier Marias, The Art of Fiction No. 190. 2006. Egen oversættelse).
Javier Marías har udover sit forfatterskab beskæftiget sig meget med både oversættelse og undervisning. Hans første job som oversætter var af Dracula-manuskripter. Han har siden oversat værker af ikoniske forfattere som William Faulkner, Vladimir Nabokov, John Updike, J.D. Salinger og Shakespeare og vundet priser for sine oversættelser. I 1983 underviste han i spansk litteratur og oversættelse på Oxford University. Han har siden også undervist på Wellesley College i USA – ligesom sin far – og universitetet i Madrid, som han selv er uddannet fra.
Javier Marías bor stadig i Madrid. Her skriver fortsat bøger, ligesom han også stadig oversætter litteratur fra engelsk til spansk, har sit eget lille forlag – Reino de Redonda – og skriver samfundskritiske artikler samt en ugentlig klumme for den spanske avis El País.