Det humoristiske, det alvorlige og det sårbare eksisterer side om side i Mette Moestrups bøger, ligesom referencer til andre skønlitterære forfattere og klassisk mytologi lander sig med det, man engang betegnede som mere populærkulturelle fænomener. Pudsige sammenkoblinger og formeksperimenter kendetegner forfatterskabet, men det udelukker langt fra gennemgående tematikker, politiske tilkendelser og psykologisk-eksistentielle motiver, som der også er mange af i Moestrups udgivelser. Det refleksive og det sanselige blandes, ligesom klang, rim, homonymer og grafiske figurer er et gennemgående træk. De vigtigste tematikker er spørgsmål om oprindelse, identitet, køn og seksualitet men en selvtematisering af det at skrive litteratur og en udforskning af sproget som konkret materiale ptræder også mange steder i forfatterskabet.
Moestrup arbejder i sine digtsamlinger med formstrukturer og systematik, men det sættes altid sammen med det sammensatte, legende, kontrastfulde og forskellige spor. Som hun selv har sagt det om den næsten 180 sider lange digtsamling ”Til den smukkeste” (2019) med ni næsten selvstændige dele: ”Jeg har aldrig været minimalist, og jeg elsker clash mellem det vilde og det stringente. Jeg har ikke begrænset mig til en enkelt spinkel tråd.” (Felix Thorsen Katzenelson: Mette Moestrup: »En nat vågnede jeg ved, at jeg hørte et æble blive skrællet og skåret i både. Jeg lå med lukkede øjne og mærkede en andens tilstedeværelse i rummet«. Politiken, 2019-04-25).
Foruden sine digtsamlinger, en børnebog og en prosabog har Mette Moestrup lavet eksperimenterende kunstprojekter, som benytter sig af andre medier end bogen. Det første af slagsen var det digitale projekt “M.M. – et brevprojekt”. Udgangspunktet var et digt fra Moestrups digtsamling “Golden Delicious” med titlen M.M. (selvportræt):
“Jeg har levet mig ind i en stiplet linje.
Først i stregerne, så i mellemrummene, til slut
fik jeg virkelig ondt af mig selv.
---------------------------------------------------- ”
Projektet gik nu ud på, at forfatteren via breve bad 300 mennesker med de samme initialer som hende selv om at afskrive eller omskrive hendes digt M.M. (selvportræt) og sende det tilbage til hende.
Mette Moestrup har også lavet internetprojektet “kollektivt-anonymt.dk” hvor besøgende opfordres til at skrive deres egne sætninger til en række faste opslagsord, der alle er hentet fra et næsten dødt indiansk sprog. Hun er ligeledes del af performanceduoen SHE’S A SHOW, der kombinerer videokunst, musik og tekst