Peter Nielsens forfatterskab har en sammenhængende motivkreds fra de tidlige selvudgivne hæfter til de sidste digtsamlinger. Selvom det formelle udtryk ændrede sig gennem tiden, er det kendetegnende, at temaer optræder sideordnet i teksterne: erindringer, filosofiske overvejelser, sansninger og kommentarer til biler i tomgang rangerer på samme niveau i digtene. Der er ingen overgange fra høj til lav, og de forskellige elementer har samme rang i digtene, modsat det hierarki udenfor digtene, som også beskrives. Digtene er ikke, som hos f.eks. Søren Ulrik Thomsen, afrundede enheder, men en lang strøm, der både løber gennem den enkelte samling og gennem forfatterskabet. De samme temaer og motivkredse afsøges og udforskes gennem de mange samlinger.
Et fast indslag og genkommende motiv i forfatterskabet er musik og fugle. Selv i den samfundskritiske roman ”Fri panik” er der små ophold i teksten, hvor der i et fortættet øjeblik zoomes ind på en fugl eller et musikstykke. Forfatteren sagde selv om den musikalske inspiration: ”Det forekommer mig undertiden at musik bedre end f.eks. litteratur fortæller mig, hvordan jeg evt. kan strukturere en tekst. Hvordan jeg kan variere, improvisere, underspille, sætte trumf på osv. Arbejde med sideordning af temaer.” (Nordisk Råd foreslår. Litteratursiden, 2004-02-16).
Andre samlende træk i forfatterskabet er den samfundskritiske brod, der ligger under mange af teksterne, det natursøgende menneske og det musikalske, levende antrit. Gennem både digte og romaner er tableauer, øjeblikke, steder og fortætninger tilstede mere end konkrete møder og direkte handling. Sprogets musik giver liv til de slentrende tekster, som i de fleste tilfælde er omveje uden direkte erkendelse.
Digtene var gennem mange gennemskrivninger, inden de var færdige, og Nielsen tøvede ikke med at slette. I arbejdet med ”Livet foreslår” var han begyndt på et langdigt, men kasserede det meste og begyndte forfra. ”Det må aldrig blive for entydigt. Nogle gange starter jeg på et digt, og efter tre-fire ord giver resten af digtet næsten sig selv, men bagefter skærer jeg måske de tre-fire ord væk, der satte mig i gang. Jeg fjerner så at sige stigen. Hvis et digt går ubesværet og gnidningsløst, så er det ikke værd at bevare. Den prøve udsætter jeg digtene for efter et par dage, og jeg kasserer med rund hånd,” sagde Peter Nielsen (Carsten Andersen: Digteren, der ikke ville være kendt. Politiken, 2007-03-16).
Peter Nielsen var både digter og oversætter, og han var bevidst om at adskille de to praksisser og ikke overtage tonen fra den digter, han oversatte: ”Da jeg oversatte Tomas Tranströmers samlede digte, holdt jeg mig fuldstændig væk fra mit eget. Jeg skrev ikke en linje. Turde simpelthen ikke. For nylig genlæste jeg et par digte, jeg skrev for år tilbage, og jeg kunne mærke, at de havde Tranströmers »ånde« over sig. Jeg slettede dem øjeblikkeligt. Jeg er skrækslagen for at tappe sådan fra andre, at jeg selv kan mærke det.” (Claus Grymer: Hvad livet foreslår. Kristeligt Dagblad, 2004-01-02.)