Jose Saramago har en meget karakteristisk skrivestil. Han skriver ofte i meget lange sætninger, hvor han bruger kommaer i stedet for punktummer. Dialoger i hans værker er ikke markeret med anførselstegn eller lignende og glider derfor ind og ud af fortællerstemmen, ligesom udsigelsespositionen kan være svær at afgøre. Der er ofte et fantastisk islæt i hans værker, og han skrev stort set aldrig realistiske værker.
Saramago bruger en del metafiktive greb, hvor han gør opmærksom på værkets fiktionalitet. Det kan f.eks. være ved at forsvare, fordømme eller kommentere begivenhederne, tage afstand fra noget eller prøve at overbevise læseren om nogets sandfærdighed. Fortælleren kan også gøre opmærksom på sin egen fortællende samtid, som han vil dele med læseren, selv ved historiske værker som ”Elefantens rejse”. Ofte er der en skælmsk, ironisk eller humoristisk tone i værkerne, der skal udstille menneskets (eller med ”Kain” – Guds) dårskab. Denne tone kan også anskues som værende meget pessimistisk og anti-idealistisk. Her fremstilles den menneskelige natur, som den virkelig er, loves der. Han anvender også ofte politisk eller religiøs satire.
Der er to træk ved Saramago, som slår tydeligt igennem i temaerne i hans bøger: At han var ateist og kirkemodstander, og at han var kommunist. Mange værker gennemstrømmes mere eller mindre eksplicit af en religionskritik, ligesom hans politiske ståsted ofte kommer til udtryk i politisk satire, der latterliggør magtens mænd. I hans værker fremhæves den menneskelige faktor frem for den officielt sanktionerede historie.