Lilja Scherfigs bøger beskrives som både ungdomsromaner og billedbøger, men som forlaget Jensen og Dalgaard skriver i deres materiale til ”Drengen uden øre”, så er hendes bøger nok mere bare ”menneskebøger”. Tematisk handler bøgerne om relationer, kærlighed, vrede, om at være anderledes, at have modet til at turde være den man er og om at udfolde sin kreativitet. Der er en tydelig humoristisk sprogtone i Scherfigs tekster, samtidig med at tunge temaer som sorg og vrede får lov at fylde i hendes universer. Dette modsætningsforhold spejles i illustrationerne til hendes bøger, ikke mindst i hendes samarbejde med Otto Dickmeiss og hans både eventyrlige og dystre streg.
De svære relationer og konflikter i den nære familie går igen i mange af værkerne. ”Louie Louie” handler eksempelvis om et søn-far forhold i krise efter morens død, hvor følelser som sorg og vrede kommer til udtryk. I ”Farfar” kæmper Storm med at balancere faderens had til Storms farfar og så Storms egen oplevelse af farfaren, mens drengen i ”Dybt vand” prøver at forlige sig med, at moderen ikke vil have at han ser sin papfar, efter at han flytter ud af huset. I Scherfigs værker er det ofte børnene, der ligger under for voksnes beslutninger og følelser, men typisk er det også, at konflikterne har det med at løse sig til sidst.
Et andet tematisk spor er kreativitet som en ventil for følelser og et redskab til at løse konflikter. I ”Louie Louie” opdager Louie, at han præcis som faren, der udtrykker sine følelser gennem sit dukketeater, kan udtrykke sine følelser, når han skriver og spiller en sang. I ”Pophans” (2008) finder Pophans ud af, at han ikke egner sig til at være gårdens hane, for han vil hellere være popsanger og rejse ud i verden. Kreativiteten, det skæve og anderledes får således plads i fortællingerne. Forfatteren fortæller på sin hjemmeside om de bøger, hun gerne vil skrive fremover: ”Åh, jeg føler, jeg har en masse bøger indeni. Min drøm? Det er vel egentlig, at skrive nogle bøger, der kan få alle nørderne, freaks’ne, de ensomme, de længselsfuldt indadvendte, de følsomme og de anderledes, til at føle at de kan slappe helt af i mit selskab (altså i mine bøger), og måske, måske kan de ligefrem føle sig stolte og uovervindelige. Hvem ved.”.