Chris Ware blev født i 1967 i Omaha, Nebraska. Han voksede op med tegneseriestriben ”Peanuts” (”Radiserne”) og superheltetegneserierne ”Superman” og ”Batman”. Efter High School startede Ware på University of Texas i Austin, Texas. Det var også her, han startede med at lave tegneserier, for universitetsbladet ”The Daily Texan”. Her fik karakterne Quimby the Mouse og Jimmy Corrigan deres dåb. I 1987 fik Art Spiegelman (skaberen af ”Maus”) øje for Wares evner og indbød ham til at bidrage til sin årlige tegneserieantologi ”Raw”, hvor han blev publiceret i udgaverne fra 1990 og 1991.
I 1991 flyttede Ware til Chicago og startede på en kandidatuddannelse i trykkekunst ved Art Institute of Chicago. En uddannelse han ikke gjorde færdig i første omgang, men som han siden har færdiggjort. Mens han gik på skolen, bidrog han med en ugentlig stribe til tegneseriebladet ”New City”, hvor han arbejdede videre på historien om Jimmy Corrigan.
I 1993 kom det store gennembrud, Ware havde ventet på. Fantagraphics tilbød Ware hans egen faste udgivelse, som blev til The ACME Novelty Library, som Ware stadig kører. Det blev til 15 udgivelser hos Fantagraphics frem til 2001. Ware eksperimenterede med formen, og ikke to udgivelser så ens ud. Han vandt i denne periode et hav af priser for sit skelsættende arbejde. I 2000 udgav han de historier om Jimmy Corrigan, som han havde arbejdet på siden sin studietid i udgivelsen ”Jimmy Corrigan, the Smartest Kid on Earth”. Værket blev hurtigt en moderne klassiker og blev bl.a. hyldet af ”The New Yorker” som det første formelle mesterværk i tegneseriemediet.
Ware fortsatte med selv at udgive ”The ACME Novelty Library”, som i dag er nået til nummer 20. I 2012 samlede han igen historierne herfra i den samlede udgivelse ”Building Stories”, som også er blevet modtaget med stor ærbødighed. Foruden at arbejde på sine egne værker er Ware også involveret i flere forskellige genudgivelser af klassiske amerikanske avisstriber, ligesom han ofte bidrager til filmplakater, bogcovers og tidsskriftsforsider. Han bor i Chicago med sin kone og datter.