Jonathan Franzen blev født nær Chicago den 17. august 1959, og han voksede op i Websters Groves, Missouri, der er en forstad til St. Louis, sammen med forældrene Earl og Irene Franzen samt de to ældre brødre Tom og Bob. Franzen var som barn noget af en nørd, og var desuden plaget af et nervøst sind. I den selvbiografiske bog ”Ubekvemmelighedszonen” fortæller Franzen, at han som barn var bange for alt fra edderkopper over kvinder til sine forældre. Han fortæller om en mor, der var temmelig overbeskyttende og som hægede om traditionelle værdier. Det bedste, hun kunne forestille sig for sine børn, var en ordentlig uddannelse som jurist eller ingeniør og dertil et godt ægteskab, mens det værste, hun kunne forestille sig, var, at hendes drenge begyndte at tage stoffer eller levede på polsk.
Franzens forældre så gerne, at han gik den naturvidenskabelige vej, som han da også havde flair for, men i stedet for at tage matematik på højt niveau, tog han i sit næstsidste collegeår til München, hvor han forelskede sig i den tyske litteratur og dens evne til psykologiske portrætter. I 1981 fik han sin eksamen ved Swarthmore College, og umiddelbart efter blev han gift med en skoleveninde, der skrev ligesom Franzen selv. I årene efter college studerede han ved Freie Universität i Berlin, hvorefter han fik arbejde på et seismologisk laboratorium ved Harvard Universitets departement for Jord- og Planetarieforskning. Men trangen til en forfatterkarriere trak i ham, og i 1988 udgav han sin første roman ”The Twenty-Seventh City”, som gav ham stor succes hos de amerikanske læsere. Med den tredje roman ”Korrektioner” fra 2001 slog Franzen for alvor igennem internationalt. Bogen er i dag oversat til mange sprog, den sluges af fornøjede læsere, den er rost til skyerne af anmeldere, og i 2012 blev den filmatiseret med blandt andet Maggie Gyllenhaal og Ewan McGregor i hovedrollerne.
I dag er Franzen blevet skilt fra sin første kone og lever med sin kæreste, forfatteren Kathryn Chetkovich, på Manhattan. Han er fuldtidsforfatter og skriver også af og til essays for avisen The New Yorker.