Groft sagt kan Henning Mortensens overordentligt store forfatterskab inddeles i tre perioder. Første del er Mortensens bidrag til tressernes og halvfjerdsernes eksperimenterende litteratur, hvor han blev en central figur i den danske litterære avantgardebevægelse. For Mortensens generation handlede det om at rive sproget fra hinanden, da man mente, at det gængse sprog var blevet misbrugt af magthaverne i det 20. århundrede. Derfor forsøgte man gennem poesien at eksperimentere sig frem til et helt nyt sprog.
Problemet er, at kun få forstår dette projekt, så for at kunne formulere en bredt forståelig samfundskritik måtte avantgardisterne vende tilbage til det almindelige sprogbrug. I firserne kastede Mortensen sig over krimien. Perioden er domineret af mørke spændingsmættede plots og skildrer Over- og Underdanmarks sammenstød med lov og moral.
Tredje del af forfatterskabet tager for alvor fart i halvfemserne, hvor Mortensen satser på prosaen og påbegynder sin store dannelsessaga om drengen Ib. Serien om Ibs oplevelser gennem sidste halvdel af det tyvende århundrede er anderledes lys og mild sammenlignet med Mortensens tidligere mørke og barske udgivelser. Sagaen om Ib er i høj grad selvbiografisk, og de ti romaner står som et hovedværk i dansk halvfemserlitteratur.
Siden er Mortensen vendt tilbage til krimien i sin roste Sondrup-trilogi, som udkom mellem 2005 og 2007. Her kombinerer Mortensen de lyse og mørke elementer fra sit tidligere forfatterskab.
Hos Henning Mortensen står sprogets muligheder for at gøre sig fri af løgne og uigennemskueligheder centralt: Det handler om at skrive sig frem til en forståelse af den virkelighed, som gemmer sig bag facader og masker, at skrive sig fri af det klaustrofobiske, snævre og indskrænkende. Derfor udgør det kriminalistiske element en fremtrædende del af forfatterskabet. Skrivningen udspringer af en fornemmelse af at være blevet ført bag lyset, og at verden ikke er, som de voksne går og bilder børnene ind. Overalt bliver sandheder omgået, og skjulte hemmeligheder findes overalt. Derfor kan også den ikke-kriminalistiske del af forfatterskabet med fordel anskues ud fra en opdagers synspunkt. Det kan for eksempel ses i Ib-seriens første del “Havside Sommer”, hvor Ib sniger sig rundt og opklarer de hemmeligheder, som de voksne holder skjult. Afsløringen af løgne går som tema igen hele vejen igennem Mortensens forfatterskab. Alligevel skal man ikke forvente, at litteraturen kan udrede sandheden om verden for læseren. Mortensen nøjes med at pege på, at det vi tror og mener os sikre på, ofte viser sig at have begrundelser i omskiftelige og endog falske forudsætninger. Denne triste konstatering bløder Mortensen op med en humor, som også er til stede hele vejen gennem forfatterens virke.
Mortensens betragtning af tilværelsen som forloren og illusorisk bruges til at formulere en samfundskritik, hvor danskernes umiddelbart trygge og hyggelige liv dissekeres. De udadtil så dannede parcelhusmure gemmer på triste rødvinsbranderter og ondskabsfuldheder så gemene, at de tabuiseres og gemmes væk. Dermed er de danske villaveje så indspundne i løgn og elendighed, at det ofte i Mortensens univers kræver en detektiv at udrede sandheden, hvis det da overhovedet lykkes.