Houellebecq lagde ud som essayist, men er mest af alt romanforfatter. Et hovedtema i forfatterskabet er den moderne tilværelses uudholdelighed. Alle karaktererne er bundfortvivlede og ensomme og ude af stand til at knytte bånd til andre mennesker. De eneste relationer, der består, er stadig mere forkvaklede og voldelige seksuelle relationer samt dysfunktionelle arbejdsrelationer.
Romanerne skildrer fra forskellige vinkler, hvordan vores liv og identitet er et resultat af sociale og historiske processer, som langt overskrider, hvad vi som enkeltindivider kan have indflydelse på – deraf også personernes fortvivlelse. Selvom de drømmer om en anden tilværelse, er de ude af stand til at skabe den, fordi deres liv er et resultat af kulturen, der omgiver dem. De er fanget i markedsmekanismer, der er dybt indlejret i individerne, og gør dem ude af stand til at betragte hinanden som andet end varer på hylden.
I tre af værkerne leger Houellebecq dog med tanken om et alternativ og skaber fremtidsversioner, der balancerer mellem utopi og dystopi. Både i ”Elementarpartikler” og i ”Muligheden af en ø” fantaserer forfatteren om, hvad genteknologi kan have af muligheder for mennesket. Kan vi klone os ud af vores lidelse? Og i ”Underkastelse” er det islam, der skal redde menneskene ud af ensomheden ved sit tilbud om et stærkt fællesskab – ikke mindst i form af familien.
Houellebecq skriver sig i øvrigt med flere af værkerne ind i genren metafiktion med en snert af autofiktion, når flere af hans litterære karakterer bærer navnet Michel, og deres liv har temmelig mange ligheder med Houellebecqs eget.
Meget få forfattere har i vor tid fået så meget omtale i store dele af verden som Houllebecq. Den franske forfatters indgående beskrivelser af sine hovedpersoners seksuelle udskejelser, hans karakterers kritiske kommentarer om islam samt hans ensidigt dystre blik på samtiden har dannet baggrund for en del debat. Blandt andet har hans roman ”Underkastelse” skabt debat i hele Europa: På den ene side har især højreorienterede fremhævet romanen som en sandsynlig fremtidsskildring, hvis Europa fortsat tillader mellemøstlige befolkningsgrupper at indvandre i samme grad, mens den på den anden side er blevet kritiseret kraftigt for at være islamofobisk.