Den moderne tilværelses uudholdelighed er det helt centrale tema i samtlige af Houellebecqs værker. Alle karaktererne er bundfortvivlede og ensomme og ude af stand til at knytte bånd til andre mennesker. De eneste relationer, der består, er stadig mere forkvaklede og voldelige seksuelle relationer.
Romanerne prøver på hver sin vis at sætte fokus på, at vores liv og vores selv er et resultat af sociale og historiske processer, som langt overskrider, hvad vi som enkeltindivider kan have indflydelse på – deraf også personernes fortvivlelse. Selvom de drømmer om en anden tilværelse, er de ude af stand til at skabe den, fordi deres liv er et resultat af kulturen, der omgiver dem.
I tre af værkerne leger Houellebecq dog med tanken om et alternativ og skaber fremtidsversioner, der balancerer mellem utopi og dystopi. Både i ”Elementarpartikler” og i ”Muligheden af en ø” fantaserer forfatteren om, hvad genteknologi kan have af muligheder for mennesket. Kan vi klone os ud af vores lidelse? Og i sit seneste værk ”Underkastelse” er det islam, der skal redde menneskene ud af ensomheden ved sit tilbud om et stærkt fællesskab – ikke mindst i form af familien.
Houellebecq skriver sig i øvrigt med flere af værkerne ind i genren metafiktion med en snert af autofiktion, når flere af hans litterære karakterer bærer navnet Michel, og deres liv har overordentlig meget tilfælles med Houellebecqs eget.
Meget få forfattere har i vor tid fået så meget omtale i store dele af verden som Houllebecq. Den franske forfatters indgående beskrivelser af sine hovedpersoners seksuelle udskejelser, hans karakterers kritiske kommentarer om islam samt hans ensidigt dystre blik på samtiden har dannet baggrund for en del debat. Senest har hans roman ”Underkastelse” skabt debat i hele Europa: På den ene side har især højreorienterede fremhævet romanen som en sandsynlig fremtidsskildring, hvis Europa fortsat tillader mellemøstlige befolkningsgrupper fortsat at indvandre i samme grad, mens den på den anden side er blevet kritiseret kraftigt for at være islamofobisk.