Det er ikke guds bedste børn, der befolker Alexandro Jodorowskys grafiske romaner: Alt lige fra diktatorer til prostituerede, magt- og krigsliderlige paver, narkobaroner, prostituerede hermafroditdværge og narkomaner træder ud og ind af hans fortællinger. Også historiernes helte er nærmest vrangbilleder på den klassiske amerikanske superhelt: de er gerne fysisk handicappede, for eksempel født uden arme og ben, med haler, uden ansigtstræk eller pukkelryggede. De befinder sig i udkanten af samfundet, men er til gengæld ofte begavede med store spirituelle evner.
Disse forvrængede, jungianske arketyper, som Jodorowsky selv har kaldt dem, optræder i så forskellige kulisser som science fiction-genren, western-genren, eventyr-genren og historisk realistiske universer. Kombineret med en gennemgående forkærlighed for det obskure og psykedeliske skaber Jodorowsky historier, der udspiller sig i et grænseland mellem en psykisk og fysisk virkelighed.
Hvis der løber en rød tråd igennem Jodorowskys kompromisløse og foruroligende forfatterskab, må det være udforskningen af seksuelle tabuer såsom voldtægt, prostitution og incest og magtrelationer inden for institutioner som familie og kirke. Kirkens magt som institution i samfundet og den dogmatiske version af religionen får en tur igennem vridemaskinen hos Jodorowsky, hvilket ses i serier som “Månemanden - bølgernes behersker”, “Den hvide lama” og serien “Borgia”, illustreret af Milo Manara, som omhandler den katolske kirkes brogede vej til magten. Jodorowskys værk gennemsyres af en grundlæggende mistillid til den officielle version af religion og dens ofte magtfulde position i samfundet. Men overfor den institutionaliserede og dogmatiske religion stilles individets tro og spirituelle søgen, hvilket altid i Jodorowskys drejebog afslører de gejstlige magthavere som bedragere. Jodorowskys tilgang til religion er præget af ’new age’-bevægelsen, netop fordi han fravælger alle dogmerne og i stedet fokuserer på den enkeltes oplevelse af troen og gerne plukker fra og sammensætter elementer fra forskellige religioner. Hans egen psykoterapeutiske retning Psychomagic kan da også karakteriseres som new-age med sin inspiration fra shamanisme, mysticisme, østlig filosofi og moderne psykoterapi.