Forfatterskabet kan, med forskeren Jørgen Elbeks ord, opdeles i to faser: fra den sublime nihilisme til positivitet af en lavere orden. Værkerne før århundredeskiftet udtrykker en typisk fin de siècle-tidsånd af dekadent æsteticisme, mens de senere bøger bekender sig til en ny saglighed, filosofisk funderet på et darwinistisk grundlag.
Selv om det er den samme motivkreds, der optager Jensen, kan man med et billede fra fotografiet sige, at den første fase skildrer virkeligheden som negativer, den anden som positiv-aftryk.
I sine tidlige værker er Jensen inspireret af sin navnebroder Jørgensen, hvem han i en senere alder - med en vis hånlig ironi - tilskrev ungdomsværkerne Danskere (1896) og Einar Elkær (1898). Selv ønskede han dem strøget af sit forfatterskab.
Romanerne handler om selviagttagende provinsstudenter, der går til grunde i mødet med moderniteten. Spaltede mellem rationel videnskabelighed og overspændte følelser længes de ud over kroppens grænser mod noget hinsidigt.
Som typer er Buris Holm og Einar Elkær beslægtede med figurer fra Knut Hamsuns og Johannes Jørgensens ungdomsromaner, og netop deres tidstypiske nervøsitet gør dem til sensible iagttagere. Jensen havde selv blik for sine personers dekadence, men så deres sygelige selvoptagethed som gennemgangsled til en ny og stærkere sundhed:
"Jeg tror vi nærmer os en sund Type gennem Sygelighed, vor Refleksionssyge forhastiger Udviklingen. Vi slider de daglige Tanker hurtigere, vi ledes ved de spotbillige Reaktioner. Vi kom efter, at det meste i vort Væsen er rudimentært. Vor Tids Mennesker er som vor Tids Arkitektur, Variationer af Rudimenter."
Det lykkes ikke Einar Elkær at rejse et saglighedens jeghus, tværtimod rabler det for ham, efter at han en tid har lidt af en sygelig jalousi. Han bliver sindssyg, går til grunde, og ligsynets udsagn kommer til at fremstå som forfatterens dom: "Og saa fik Kommunen Einar Elkærs Lig til Forføjning. Sektionen viste blød Hjærne."