Kongens Fald kan ses som det prisme, der spejler de fleste af forfatterskabets indfaldsvinkler. Romanen udkom i tre små bøger 1900-01, forfattet i henholdsvis Farsø og Norge ud fra studiet af en række kilder. Inspirationen til Kongens Fald er Carl Blochs historiemaleri Christian II i Fængslet paa Sønderborg Slot (1871), hvor kongen ses sammen med sin tjener, en gammel landsknægt.
Romanen fører til slut de to personer sammen i fængselscellen, men lader inden da deres veje krydse og følge hinanden. Hvor Mikkel Thøgersen er en fiktiv konstruktion, er skildringen af Christian 2. og de historiske begivenheder forpligtet på en historisk fakticitet.
Romanens første del udspiller sig i 1497 i København, hvor bondestudenten Mikkel Thøgersen smides ud af universitetet og overværer, hvordan den livskraftige Otte Iversen forfører hans udkårne, den jødiske pige Susanna. Som hævn voldtager Mikkel Otte Iversens forlovede, og romanens anden del skildrer afkommet af de to seksualakter.
Denne del udspiller sig i perioden omkring Det stockholmske Blodbad, 1520, hvor Ottes og Susannas søn, den livssultne Axel, en tid følges med Mikkel, men svigter hans fortrolighed. Som hævn dræber Mikkel Axel i en af de tætteste dødsskildringer i dansk litteratur.
Mikkel er desuden med på den båd, der sejler kong Christian 2. frem og tilbage over Lillebælt, mens han tvivlende vurderer sine strategiske muligheder for at genvinde kontrollen over riget. I romanens tredje del, der udspiller sig under Grevens Fejde og ti år frem, vender Mikkel hjem fra en pilgrimsrejse og slutter sine dage i fangenskab med kongen på Sønderborg Slot.
Romanen kan læses som en udforskning af faldets lov, formuleringen af sammenhængen mellem menneskets længsel mod at overskride sit biologiske grundlag og dets endelighed, dets nødvendige hjemfald til døden.
Mikkel er som type en drømmer, hvis livshunger aldrig stilles: "Livet ville ikke forløse din overmægtige Trang til Lykke, det nødte dig til Had, Hævn, og du blev hjemløs." Både Kong Christian 2. og Mikkel lammes af tvivl i form af en overdreven hang til introspektion og undlader at handle, mens tid er.
Skæbnefællesskabet mellem kongen og Mikkel er tydeligt ved romanens slutning: "Mikkel havde hele sit Liv følt sin Skæbne knyttet til Kongens. De var fulgtes ad paa en Maade. I samme Grad som Mikkel var rykket Kongen nærmere, var Kongen falden." Begge er de underlagt faldets lov, der fører deres længsel ud over virkeligheden tilbage i den.