Mellem 1956 og 1958 udkom Najib Mahfuz´ trilogi, der bragte ham Nobelprisen i litteratur i 1988. Den omfatter "Bain al-Qasrain", "al-Sukkariyya" og "Qasr al-shawq".
Det er en stor slægtsroman, der skildrer en middelklasse familie igennem tre generationer, fra 1919 til 1944. Familiemedlemmernes skæbne er vævet sammen med de store politiske og sociale omvæltninger i landet. Det gamle styre kæmper mod voksende krav om selvstændighed og reformer, og opløsningstendenserne er mærkbare såvel i samfundet som i familien. Værket er både Egyptens og familiens historie gennem 30 år. Revolutionen kom i 1952, Kong Faruk blev sendt i eksil, og det nye styre bebudede reformer, men Najib Mahfuz stillede sig afventende, ligesom andre intellektuelle.
Syv år efter revolutionen kom Mahfuz´ næste store værk "Awlad haratina" (Children of Gebelawi) . Den udkom som føljeton i en avis, men blev aldrig udgivet i bogform i Egypten. Denne roman, der helt bryder med socialrealismen, er skrevet i en fabulerende og til tider lyrisk stil. Den kan læses både som slægtsroman og som nøgleroman, hvor forfaderen, Gebelawi, kunne være Gud og hans efterkommere Adam og Eva, Kain og Abel, Moses, Jesus og Mhuammad samt en senere reformator, der mener at frelsen ligger i viden. Den er meget spændende og en betydelig fornyelse i arabisk litteratur, men den er dog gennemgående pessimistisk, idet den antyder, at enhver reform er dømt til forfald med tiden på grund af menneskets egoisme og ufuldkommenhed.
Temaerne i Mahfuz´ følgende bøger er især menneskets søgen efter åndelige værdier, den enkeltes kamp mod samfundet og tiden, der forandrer alting, både menneske og samfund. I romanen "al-Liss wa-al-kilab" (Tyven og hundene) fra 1961 skildrer Najib Mahfuz en mand, der efter at have udstået sin fængselsstraf, er besat af ønsket om hævn over sin kone og hendes elsker, der er skyld i fængslingen. Forfatterens brug af bevidsthedsstrøm giver læseren mulighed for at følge hovedpersonens inderste tanker og reaktioner. Hans tvangstanke fører ham til drabet på to uskyldige. To mennesker prøver at redde ham, den gamle mystiker han har kendt i sin ungdom og en prostitueret pige, der elsker ham. Men hans besættelse er for stærk, og han dør under politiets kugleregn mellem gravene på en kirkegård. Tempoet er hæsblæsende, og man føler ham i hans flugt, på vej mod det uafvendelige.
I Pension Miramar , der udkom i 1967 kort før seksdageskrigen, gør Mahfuz brug af samme metode. Handlingen vinder i intensitet og læseren får indblik i historien set med fire personers øjne. En græsk enke, der driver et pensionat i Alexandria, har nogle faste pensionærer om vinteren. Fire af dem er forelsket i tjenestepigen Zohra, den kønne og stærke pige, der har forladt landsbyen for at undgå et ægteskab med en langt ældre mand. Hun er ambitiøs og ønsker at lære at læse for at forbedre sin fremtid. De fire personer fortæller historien fra hver deres synsvinkel, og man får indblik i deres tanker og motiverne bag deres handlinger. Romanen giver et godt indblik i de politiske forhold i Egypten i 60´erne. Rammen om historien er pensionatet med dets elegante forfald, det står som et symbol på fortiden, der er uigenkaldeligt forbi.