Anne Lise Marstrand-Jørgensens forfatterskab behandler universelle emner som kærlighed, død, opløsning, fødsel og forholdet mellem mennesker. Tematikkerne kredser især om den psykologiske side af emnerne. Både de ‘syge’ af slagsen som vrangforestillingerne, tungsindigheden og den irrationelle angst i “Ingen”, men også gængse problemstillinger omkring, hvad der sker i og mellem mennesker, når de indgår i familieforhold, kærlighedsforhold og så videre.
Marstrand-Jørgensens bøger indeholder abstrakte overvejelser om, hvad kærlighed er, og hvilke vilkår vi giver den i vores traditionelle parforhold. I denne afdækning indgår blandt andet jalousi, forskellen mellem mænd og kvinders følelsesliv og kommunikationen mellem kønnene.
Endvidere kommer forfatterskabet, primært i “Det vi ved”, men også i Horn-romanerne, ind på social arv og muligheden for at påvirke, hvad der synes at være en fastlagt skæbne.
Naturvidenskaben optræder ofte i forskellige forklædninger i Marstrand-Jørgensens romaner. Hovedpersonerne i “Det vi ved” og “Konventioner” er forskere inden for naturvidenskaberne, ligesom Hildegard-bøgerne er særdeles optaget af naturmedicin og i at forstå menneskets fysik. Dette fokus er ikke helt tilfældigt med tanke på, at Marstrand-Jørgensen er tidligere medicinstuderende og stadig finder den naturvidenskabelige verden interessant: “Jeg kan stadigvæk godt blive fascineret af lægevidenskab og naturvidenskab i al almindelighed, men jeg er lykkelig for, at det ikke skal være min levevej.” (Marstrand-Jørgensen i mail-interview med Signe Juul Kraft, maj 2008).