Herta Müllers forfatterskab kredser gennemgående om individets tilstand under et totalitært regime. Hendes bøger er derfor langt hen ad vejen kapitler fra hendes egen historie. Selv placerer hun sine værker inden for, hvad hun betegner den autofiktionale litteratur. I et interview til Dagbladet Information fortæller hun: ”Jeg er et eksempel på en forfatter, der ikke selv kan vælge sit tema. Forfattere, der har lidt skade i kraft af ekstreme situationer så som krigserfaringer, kz-lejre, Gulag og diktatur i ordets videste betydning. Det er forfattere, der ikke selv har valgt, men forbliver i deres temaer, fordi de ikke kan andet og blot må indordne sig.” (Peter Nielsen: Det er aldrig godt at blive kysset af diktatoren. Information, 2009-08-04). Fra et rent tematisk perspektiv er Herta Müller altså som forfatter fastlåst af sin egen traumatiske fortid.
Blandt de gennemgående elementer i Müllers autofiktion er den opkørte steppelandsby, de grå projektbyggerier i provinsbyen, den sjælsensomme pige, den fordrukne eks-SS-far, den traumatiserede mor med fortiden i sovjetiske interneringslejre, den skakspillende bedstefar, vennens selvmord og venindens forræderi. Det er nøgne dødsmesser fra det rumænske diktaturs forkrøblede og forkrøblende verden med partiledere og sikkerhedstjeneste, hjernevask, indoktrinering, persondyrkelse, partidigte, partisange, propaganda, men det er også fortællinger om et system, som strækker sig langt ud over lakajernes rækker, om en besættelse af en helt anden kaliber end den, vi almindeligvis forbinder med ordet.
Udover sine kortprosadigte har Herta Müller primært skrevet noveller samt korte og komprimerede romaner. Fælles for hendes prosaværker er dog, at de gennem et skævt og billedmættet sprog ofte glider frem og tilbage mellem prosa og poesi – det uhyggeligt konkrete og det abstrakt ekspressive. Dette særegne sprog har rødder i erfaringen fra diktaturet, som gjorde det nødvendigt at tale i koder, når man var mellem ligesindede dissidenter. Dette affødte et folkevid præget af hårde eufemismer. Helt ned på det sproglige plan har det kommunistiske Rumænien altså brændemærket forfatteren, hvilket paradoksalt nok kommer til udtryk i hendes gennemgående forsøg på at skrive sig fri af netop diktaturet.