Henrik Pontoppidan blev født i 1857 i Fredericia, hvor hans far var præst ved Trinitatis Kirke. Børneflokken var stor, talte 16 sjæle, og moderen var - af samme grund - skrantende. Faderen Dines, en rigtig gammeltestamentlig patriark, fik i 1863 et kald ved Sankt Mortens Kirke i Randers. Det var magert, da han skulle udrede pension til sin forgænger, men den stramme økonomi passede godt til hans livsforsagende kristendom.
Som barn udviste Henrik Pontoppidan talent for matematik og praktisk håndværk, mens hans evner for de humanistiske fag var begrænsede. Over for hjemmets kristendom forholdt han sig yderst køligt.
I 1873 rejste han til København for at uddanne sig til ingeniør. Han bestod uden problemer optagelsesprøven til Polyteknisk Læreanstalt og gennemførte planmæssigt studiets første del. Til stor overraskelse for sine omgivelser sprang Pontoppidan dog fra studierne umiddelbart før den afsluttende eksamen. Grunden til dette fravalg var, at han ville være forfatter - uden at have et sikkerhedsnet under sig.
Beslutningen blev taget i 1879, men havde været undervejs siden en rejse til Schweiz i 1876, hvor han oplevede sin første stormfulde forelskelse og en natur, større end ham selv: ”Deroppe i bjergene, i den store vilde ensomhed, var det, jeg besluttede, at jeg ville være forfatter. Når man som ung og ensom vandrer i en sådan natur, er det jo givet, at det nok skal bryde frem, hvis der ligger noget og gærer i ens sind.”
For at få smør på brødet blev Pontoppidan højskolelærer i Freerslev og senere Hjørlunde hos broderen Morten. På højskolen forsøgte han at realisere et jævnt og folkeligt liv i oplysningens tjeneste. Han giftede sig med en pige fra landet, stiftede familie og udgav sine første værker. Men under idyllen lurede katastrofen. Et af børnene døde, ægteskabet havde indbyggede konflikter, og den politiske kamp mod Højrestyret slog fejl.
Pontoppidan resignerede. Han var ikke skabt for et jævnt og muntert virke i Grundtvigs ånd. Han flyttede tilbage til hovedstaden og begyndte et nyt liv som forfatter og journalist. Samme år mødte han sin senere hustru Antoniette Kofoed på tennisbanerne ved Blokhus. Hun tilhørte det københavnske borgerskab, og parret blev gift fem år senere.
Det var i disse år, at Pontoppidan blev introduceret for filosofferne Nietzsche og Schopenhauer, som han livet igennem forholdt sig til, og som sammen med Georg Brandes’ gennembrudsprogram udgjorde hans filosofiske ballast. Det er karakteristisk for Pontoppidan, at hans personlige kriser og eksistentielle valg blev omsat æstetisk i romanbearbejdninger - uden at værkerne af den grund blev private eller selvbiografiske.
Henrik Pontoppidan debuterede i 1881 med novellen ”Et Endeligt”, der sammen med ”Kirkeskuden” udgør hovedstykkerne i debutsamlingen ”Stækkede Vinger”. Titlen er dækkende for hele forfatterskabet: det handler om de kræfter, der forhindrer individets udfoldelse. Pontoppidan tog under inspiration fra naturalismen udgangspunkt i individets arv og miljø, men lagde vægten på den sociale arv. Og i modsætning til Herman Bang og J.P. Jacobsen skrev han i en mere klassisk fortællestil - uden impressionistiske finesser, som Pontoppidan betegnede som en ”udpyntet stil, der røber sit ophav som en kunstens parvenu.” Pontoppidan brugte i disse værker sine erfaringer fra højskolemiljøet til at skabe nogle ætsende billeder af livet på landet. Hans kritik retter sig mod udnyttelsen af tyendet og behandlingen af samfundets udstødte. Men heller ikke grundtvigianismen, kirken og borgerskabet går ram forbi. De rammes alle af en fortællemæssig ironi, hvor Pontoppidan tager parti for de svage og undertrykte.